(od słów: port. Cristo → Chrystus i jap. kyō → nauka, doktryna) przypuszczalnie pojawiło się śladowo w Japonii jako nestorianizm w XIII wiekuMark Mullins, Christianity Made in Japan: A Study of Indigenous Movements, [w:] „Nanzan Library of Asian Religion and Culture”, University of Hawaii Press, 1998, s. 12, ., jednak faktycznie dopiero w formie rzymskiego katolicyzmu dotarło do Japonii w 1549, kiedy św. Franciszek Ksawery przybył do Kagoshimy na wyspie Kiusiu. Po początkowym okresie tolerancji wobec nowej religii, siogunowie od końca XVI wieku zaczęli coraz surowiej zwalczać chrześcijaństwo. Edykt zniszczenia chrześcijaństwa z 1614 zakazał wyznawania tej religii w całej Japonii i rozpoczął długi okres okrutnych prześladowań religijnych. Japońscy katolicy zaczęli praktykować swoją religię w ścisłej tajemnicy, tworząc z czasem grupę „ukrytych chrześcijan” (kakure-kirishitan), którzy przetrwali bez duchownych, pism religijnych i organizacji kościelnej ponad 250 latMark Mullins (red.) Handbook of Christianity in Japan, [w:] „Handbook of Oriental Studies. Section 5 'Japan'”, BRILL, 2003, s. 1–19, ..
Dopiero gdy w Nagasaki wybudowano pierwszy po okresie prześladowań kościół katolicki (Bazylika 26 męczenników japońskich), w 1865 japońscy „ukryci chrześcijanie” zaczęli publicznie ujawniać swoją wiarę. W 1859 przybyli do Japonii pierwsi protestanccy misjonarze, którzy wraz z misjonarzami i zakonami katolickimi rozpoczęli ponowną ewangelizację kraju. Konstytucja Meiji w 1890 roku zalegalizowała chrześcijaństwo. W latach 20. i 30. XX wieku nastąpił znaczny wzrost konwersji na wyznania protestanckie i katolicyzm. Powstały liczne instytucje religijneMark Mullins (red.) Handbook of Christianity in Japan, [w:] „Handbook of Oriental Studies. Section 5 'Japan'”, BRILL, 2003, s. 20–35, ..
Obowiązująca obecnie Konstytucja Japonii z 1946 roku (weszła w życie 3 maja 1947) potwierdza równość wszystkich religii, wolność wyznania i konwersji. Chrześcijaństwo jest stałym, chociaż marginalnym zjawiskiem w Japonii, bardziej widocznym w sferze kulturowej i komercyjnej (np. śluby, Boże Narodzenie), niż religijnej. Współcześnie (2003) w Japonii jest ok. 510 tys. katolików, ok. 30 tys. wyznawców prawosławia, ponad 214 tys. Świadków Jehowy i ponad 120 tys. mormonów. Ogółem liczba chrześcijan wynosi ok. 2 mln osób, czyli 1% ludności JaponiiMark Mullins (red.) Handbook of Christianity in Japan, [w:] „Handbook of Oriental Studies. Section 5 'Japan'”, BRILL, 2003, s. 125–130, ..
Kalendarium historii chrześcijaństwa w Japonii (ang.), dostęp 2021-01-28].Nagasaki Pilgrimage: A Guide to the Churches and Christian Sites of Nagasaki, Nagasaki Prefecture Tourism Association (ang.), October 2019, s. 20.Mark Mullins (red.) Handbook of Christianity in Japan, [w:] „Handbook of Oriental Studies. Section 5 'Japan'”, . Wprowadzenie chrześcijaństwa 1549 – 15 sierpnia św. Franciszek Ksawery ląduje w Kagoshimie i rozpoczyna swoją działalność misyjną na Kiusiu i w zachodniej części Honsiu. 1550 – portugalski statek z katolickimi misjonarzami przybywa do Hirado. 1551 – powstaje pierwszy w Japonii kościół chrześcijański w Yamaguchi. 1562 – Sumitada Ōmura (1533–1587) otwiera dla Europejczyków port Yokoseura. W następnym roku Ōmura zostaje pierwszym daimyō konwertowanym na katolicyzm. Niektóre japońskie elity przyjmują katolicyzm głównie ze względów politycznych i ekonomicznych (uzyskanie nowoczesnej broni i technologii oraz zamiar osłabienia wpływów potężnych klasztorów buddyjskich). 1565 – w porcie Fukuda rozpoczyna się handel z Portugalią i Hiszpanią. 1569 – katolicki kościół (jap.: namban-ji, „świątynia południowych barbarzyńców”) pw. Wszystkich Świętych (Todos os Santos) zostaje zbudowany w Nagasaki. 1571 – otwarcie portu w Nagasaki dla handlu europejskiego. Pierwszy portugalski statek przybywa do Nagasaki. 1576 – pierwszy kościół (namban-dera) pw. Wniebowzięcia NMP powstał w stolicy cesarskiej Kioto. 1580 – jezuita Alessandro Valignano zakłada pierwsze seminarium duchowne, instytut szkolenia japońskich księży i zakonników w Arimie. Sumitada Ōmura ceduje Nagasaki i Mogi na Towarzystwo Jezusowe. 1582 – poselstwo japońskich katolików (Misja Tenshō) wypływa statkiem handlowym z Nagasaki do Rzymu, do papieża. 1584 – Harunobu Arima ceduje Urakami na Towarzystwo Jezusowe.
Prześladowania religijne 1587 – Sumitada Ōmura umiera. Wzrasta wrogość wobec misjonarzy, podejrzewanych o szpiegostwo i szerzenie imperializmu europejskiego. Siogun Hideyoshi Toyotomi uznaje chrześcijaństwo za zagrożenie i wydaje pierwszy rozkaz deportacji misjonarzy katolickich z Japonii. Kościół w Kioto, jak wiele innych, zostaje zniszczony. 1588 – Toyotomi obejmuje Nagasaki swoją bezpośrednią kontrolą i konfiskuje cały majątek kościelny. 1590 – misja Tenshō wraca z Rzymu do Nagasaki. W Kazusa zaczyna działać pierwsza drukarnia w Japonii, gdzie jezuici do 1612 drukują książki religijne. 1592 – Toyotomi ustanawia sąd do karania katolików w Nagasaki. 1597 – dwudziestu sześciu katolików zostaje straconych na wzgórzu Nishizaka w Nagasaki (Męczennicy z Nagasaki, kanonizowani w 1862) 1600 – Bitwa pod Sekigaharą centralizuje władzę i hegemonię rodu Tokugawa w całej Japonii. Siogun Ieyasu Tokugawa widzi w chrześcijaństwie zagrożenie dla jedności, ładu społecznego i bezpieczeństwa kraju. Kalwińscy Holendrzy, mylnie uznawani w Japonii za nie-chrześcijański naród, zastępują Portugalczyków i Hiszpanów w handlu z Japonią. 1609 – w Hirado powstaje Holenderska Kompania Wschodnioindyjska. 1612 – na terenach bezpośrednio kontrolowanych przez siogunat Tokugawa, w tym w Nagasaki, zostaje wydany kolejny antychrześcijański edykt. 1613 – Tsunenaga Hasekura jest wysłany do Europy jako pierwszy japoński ambasador. Po powrocie do Japonii w 1620 wkrótce umiera, a jego rodzina zostaje wymordowana. 1613 – w Hirado powstaje Brytyjska Kompania Wschodnioindyjska. 1614 – Edykt o wygnaniu misjonarzy (usunięciu chrześcijaństwa) obejmuje cały kraj. Misjonarze są zmuszeni do opuszczenia kraju, a oporni są torturowani i zabijani. Podobnie traktowani są wszyscy japońscy katolicy, którzy nie wyrzekną się wiary. Wszystkie kościoły, pisma i przedmioty chrześcijańskie zostają zniszczone. 1616 – zagraniczne statki, z wyjątkiem chińskich, mogą przybywać tylko do Nagasaki i Hirado. 1619–1622 – „Wielkie Męczeństwo Genna” – obława na katolików w całej Japonii, m.in. 55 katolików jest torturowanych i zabitych na wzgórzu Nishizaka w Nagasaki, a 52 (w tym 11 dzieci) spalonych na stosach w Kioto. 1620 – budowa świątyni buddyjskiej Tōmei-zan Kōfuku-ji w Nagasaki w celu osłabienia wpływów katolickich. 1628 – obowiązkowe sprawdzanie lojalności poprzez deptanie katolickich obrazów (fumi-e) zostaje wprowadzone w Nagasaki i sąsiednich miastach. 1629 – budowa świątyni Sōfuku-ji jako część działań anty-katolickich w Nagasaki. 1634 – „ukryci chrześcijanie” przyjmują kalendarz świąt religijnych, tzw. „Kalendarz Ojca Bastiana”. 1635 – nasila się polityka izolacjonizmu (sakoku); Japończykom nie wolno wyjeżdżać z kraju ani wracać z zagranicy. Handel z Chinami jest ograniczony do portu w Nagasaki. 1636 – budowa enklawy handlu europejskiego na wyspie Dejima. 1637/1638 – powstanie na półwyspie Shimabara kończy się klęską katolickich powstańców. 1639 – zakaz przybywania europejskich statków do Japonii. Monopol na handel zagraniczny otrzymują Holandia i Chiny. 1639–1642 – w Ōkago w północnej części Honsiu (region Tōhoku) stracono 309 katolików za odmowę apostazji (Park Męczeństwa Chrześcijan w Ōkago)ōJapan Mystery: 大籠キリシタン殉教史跡 (opis parku Męczeństwa) (jap.), dostęp 2021-02-03. 1641 – Holenderska Kompania Wschodnioindyjska zostaje przeniesiona z Hirado na wysepkę Dejima. 1644 – ostatni duchowny katolicki w Japonii (ks. Mancio Konishi) zostaje zamordowany. 1657 – „Obława Kūri” (Kūri Kuzure) w Ōmura. W sumie stracono 411 chrześcijan. 1776 – początek emigracji chrześcijańskich rolników z Sotome na wyspy Gotō. 1853 – amerykańska flota przybywa do Japonii i wymusza otwarcie kraju na handel zagraniczny (Traktat z Kanagawy). 1856 – „Obława Urakami” (Urakami Sanban Kuzure). Przymusowe wysiedlenie tysięcy chrześcijan z Kiusiu na wyspę Honsiu. 1859 – powstała Cerkiew Zmartwychwstania Pańskiego w Hakodate, pierwsza cerkiew w Japonii. 1859 – pierwszy protestancki (prezbiteriański) misjonarz – James Curtis HepburnInne źródła wskazują Divie Bethune McCartee jako pierwszego protestanckiego misjonarza w Japonii. – przybył do Japonii. 1862 – w Jokohamie zbudowano pierwszy po ponad 250 latach kościół (dzisiejsza Katedra Najświętszego Serca w Jokohamie)Yamate Catholic Church, カトリック山手教会聖堂 (Historia katedry) (jap.), dostęp: 2021-02-16.. 1865 – 17 marca po raz pierwszy po ponad 250 latach „ukryci chrześcijanie” ujawniają się w kościele Ōura w Nagasaki (Bazylika 26 męczenników japońskich). 1870 – torturowanie i zamordowanie 36 deportowanych chrześcijan w Tsuwano (Kaplica Maria Seidō). 1870 – Rosyjska misja prawosławna w Japonii rozpoczęła działalność w Hakodate.
Legalizacja chrześcijaństwa 1873 – oficjalna legalizacja chrześcijaństwa w Japonii pod presją mocarstw europejskich i USA. 1882/1900 – protestanci w liczbie 31 361 prowadzą 9 szkół dla chłopców, 15 dla dziewcząt, 39 szkół koedukacyjnych i 7 seminariów teologicznych. Kościół rzymskokatolicki liczył 44 505 wyznawców, a Rosyjska Cerkiew Prawosławna miała 25 698 wyznawców głównie na Hokkaido i w Tokio. Niektórzy niechrześcijańscy przywódcy Japonii rozważali uczynienie chrześcijaństwa religią państwową, aby przyspieszyć okcydentalizację kraju. 1889 – misjonarze baptyści przybywają do Japonii. 1890 – Konstytucja Meiji ostatecznie potwierdza wolność religijną i pozwala na chrześcijańską działalność misyjną w całym kraju. 1895 – Armia Zbawienia rozpoczęła działalność w Japonii. 1896 – Kościół Adwentystów Dnia Siódmego rozpoczyna misje. 1898 – powstał pierwszy katolicki klasztor w Japonii – klasztor Tenshien w Hakodate..
Od XX wieku do dzisiaj 1901–1930 – liczba japońskich protestantów rośnie prawie czterokrotnie, a katolików dwukrotnie.
1901 – Kościół Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich (mormoni) zakłada misje. 1911 – Świadkowie Jehowy rozpoczynają działalność misyjną. 1930 – powstał Kościół Anglikański w Japonii. 1931 – św. Maksymilian Kolbe zakłada Klasztor Franciszkanów w Nagasaki. 1937 – powstaje protestanckie Japońskie Towarzystwo Biblijne. 1939 – uchwalenie „Prawa o organizacjach religijnych” (Shūkyō-dantai-hō), które zmusza wszystkich Japończyków do uczestniczenia w państwowych ceremoniach shintō. 1945 – 9 sierpnia atak atomowy na Nagasaki powoduje całkowite zniszczenie katolickiej dzielnicy i katedry Urakami oraz m.in. śmierć 10 z 15 tysięcy miejscowych chrześcijan. 1946 – Konstytucja Japonii likwiduje państwowy status shintō, potwierdza równość wszystkich religii oraz wolność wyznania i sprzyja nowym konwersjom na chrześcijaństwo w okresie powojennym. 1949–1953 – do Japonii przybyło ok. 1500 misjonarzy chrześcijańskich. Pojawiają się nowe Kościoły protestanckie (np. ewangelikalne i zielonoświątkowe) z Europy i Ameryki. Powstają też nowe japońskie wyznania i grupy chrześcijańskie. Wzrosły konwersje wśród wykształconej klasy średniej. Liczba protestantów podwoiła się do 400 000, a liczba wyznawców Kościoła rzymskokatolickiego wzrosła ponad 3 razy, do 323 599. 1955 – o. Mieczysław Maria Mirochna zakłada Klasztor Franciszkanek w Konagai. 1969 – Świadkowie Jehowy organizują pierwszy kongres międzynarodowy w Japonii. 1970 – Japoński Kościół Prawosławny otrzymał autonomię. 1973 – początek objawień maryjnych i powstanie sanktuarium w klasztorze Służebnic Eucharystii w Akita. 1975 – w Tokio została otwarta pierwsza w Japonii i całej Azji świątynia mormonów. 1976 – powstała koło Tokio pierwsza japońska Sala Zgromadzeń Świadków Jehowy.