Puchar Intertoto UEFA 2006 był 46. edycją piłkarskiego turnieju, dwunastą pod egidą UEFA, będącego jednocześnie formą eliminacji do rozgrywek Pucharu UEFA. Do II rundy eliminacji Pucharu UEFA awansowało jedenastu zwycięzców meczów III rundy. Zwycięzcą Pucharu Intertoto 2006 został Newcastle United F.C., gdyż to miano przysługiwało drużynie, która zajdzie najdalej w Pucharze UEFA.
I runda Pierwsze mecze zostały rozegrane 17 i 18 czerwca, zaś rewanże 24 i 25 czerwca.
!colspan="5"|Europa Południowa
!colspan="5"|Europa Środkowa i Wschodnia
!colspan="5"|Europa Północna
II runda Pierwsze mecze zostały rozegrane 1 i 2 lipca, zaś rewanże 8 i 9 lipca.
!colspan="5"|Europa Południowa
!colspan="5"|Europa Środkowo-Wschodnia
!colspan="5"|Europa Północna
III runda Pierwsze mecze zostały rozegrane 15 i 16 lipca, zaś rewanże 22 i 23 lipca. Zwycięzcy dwumeczów awansowali do II rundy eliminacji Pucharu UEFA.
!colspan="5"|Europa Południowa
!colspan="5"|Europa Środkowo-Wschodnia
!colspan="5"|Europa Północna
Zobacz też Liga Mistrzów UEFA (2006/2007) Puchar UEFA (2006/2007) Występy polskich klubów w Pucharze Intertoto Linki zewnętrzne The RSSSF Archive - International Club Results Puchar INTERTOTO - sezon po sezonie Wildstat Transfermarkt Intertoto Cup 2006 Game Details
Kategoria:Puchar Intertoto UEFA Kategoria:2006 w piłce nożnej