Historia Estonii jako niepodległego państwa obejmuje lata 1918–1940 oraz okres po roku 1991. W pozostałym czasie tereny obecnej Estonii znajdowały się pod kontrolą innych europejskich (w tym historycznych) państw.
Prehistoria Osiedlenie się ludzi na terenach stanowiących dziś obszar Estonii stało się możliwe po tym, jak zniknął stamtąd lód z ostatniej epoki lodowej w okresie mezolitu 11-13 tysięcy lat temu. Najstarsza znana osada ludzka w Estonii znajduje się nad rzeką Parnawa, niedaleko wioski Puilli. Datowana jest na początek IX wieku p.n.e. Znane są także ślady wspólnot łowców i rybaków mieszkających ok. 6500 r. p.n.e. niedaleko miasta Kunda. Kości i narzędzia podobne do tych znajdowanych w Kunda odkryto również na Łotwie, północnej Litwie i południowej Finlandii.
Od neolitu zasiedlanie tych terenów było już zjawiskiem stałym, a w IV–III tysiącleciu p.n.e. dotarła tam kultura ceramiki dołkowo-grzebykowej, która była związana z plemionami ugrofińskimi, z których wyłonili się pierwsi przodkowie późniejszych Estów. Nazwę Estowie, wspomnina starożytny rzymski historyk Tacyt. ludność Estonii stanowiły ludy ugrofińskie oraz napływające ludy bałtyckie, pokrewną pierwotnym plemionom litewskim i łotewskim oraz – prawdopodobnie – germańskim ze Skandynawii.
Korzenie ludów estońskich i fińskich, jak również pochodzenie ich języków, pozostają przedmiotem pewnych kontrowersji. W XIX wieku fiński badacz stwierdził, iż ich macierzą była środkowo-zachodnia Syberia. Później pojawiła się teoria, że starożytna ojczyzna ludów ugrofińskich usytuowana jest na terenach dzisiejszej europejskiej części Rosji, w regionie pomiędzy rzekami Wołgą i Kamą. Teoria ta uzyskała szerokie uznanie. Do lat 70. XX wieku większość lingwistów twierdziło, że Estończycy przybyli na tereny dzisiejszego swego bytowania w pierwszych wiekach naszej ery. Później teoria ta uległa drastycznej zmianie. Na podstawie odkryć archeologicznych stwierdzono, że przodkowie Finów i Estończyków przybyli na tereny obecnego bytowania wiele tysięcy lat temu, być może w wielu falach migracji.
Estończycy przez niektórych uważani są za jeden z ludów zamieszkujących Europę najdłużej, których przodkowie być może pochodzili od przedstawicieli kultury ceramiki dołkowo-grzebykowej, którzy zamieszkiwali północno-wschodnie wybrzeża Morza Bałtyckiego ponad 5 tys. lat temu. Wcześni Estowie nie stworzyli jednolitego organizmu państwowego. Byli przede wszystkimi drobnymi rolnikami, a ich podstawową jednostką organizacyjną była wieś. Z tego powodu bardzo szybko stali się przedmiotem ekspansji sąsiednich ludów i państw.
Pod koniec I tysiąclecia n.e. rozpoczął się wyraźny rozwój gospodarczy, choć Estonia znalazła się w trudnym położeniu, między Słowianami wschodnimi, plemionami bałtyckimi i Duńczykami oraz wikingami, atakującymi ją od morza. Od IX wieku w celu przeciwstawienia się licznym najazdom, mieszkańcy Estonii zaczęli tworzyć związki plemienno-terytorialne, które pozwalały na zachowanie niezależności politycznej do XIII wieku. Jednostką terytorialną skupiającą kilkanaście wsi było kihelkondi (według kroniki Henryka Łotysza kilegund), które było odpowiednikiem słowiańskiego opola, a kilka takich jednostek tworzyło maakond (ziemia). Na czele każdej z tych maakond stała starszyzna plemienna lub jedna osoba. Z czasem doszło do utworzenia dość luźnej federacji tych terytoriów, choć formalnie nie tworzyły organizacji państwowej. W XI-XII wieku zaczął się proces feudalizacji i stopniowego skupiania przywództwa w ręku jednej osoby, ale nie został on zakończony aż do podboju krzyżackiego. Był to okres znacznego rozwoju gospodarczego i demograficznego, a późniejsze miasta takie jak Tallinn (wówczas nazywane Lindanisse lub Kalevanlinna) czy Tartu (dawniej Tarbatu) stały się ważnymi ośrodkami handlowymi. Ocenia się, że ludność Estonii pod koniec tego okresu mogła sięgać 200 tysięcy. Gdy ustały napady wikingów, jedyne zagrożenie stanowiła Ruś Kijowska, a od końca XII wieku Dania i niemieccy krzyżowcy.
Średniowiecze thumb|upright=1.2|Lata 1225–1250, Estonia jako ziemie niemieckiego zakonu kawalerów mieczowych i północna część należąca do Danii. Estonia przez wiele setek lat należała do zakonów niemieckich. Prawie do I wojny światowej język niemiecki odgrywał w Estonii bardzo ważną rolę, a wpływy niemieckie na kulturę ugrofińską Estończyków są bardzo silne. Od XI do XII Estonia stała się terenem ekspansji książąt ruskich. Narzucili oni na część ziem zależność trybunalną. W 1030 roku książę Jarosław I Mądry założył gród Jurjew (obecnie Tartu). Estonia była jednym z ostatnich europejskich terenów poddawanych chrystianizacji. W 1193 roku papież Celestyn III wezwał do krucjaty przeciwko poganom żyjącym w północnej Europie. Rycerze krzyżowi z północnych Niemiec założyli m.in. Rygę, stolicę dzisiejszej Łotwy. Z pomocą świeżo nawróconych Liwów i Latgalów krzyżowcy rozpoczęli najazdy na tereny dzisiejszej Estonii w 1208 roku. Podbojem kierował biskup Albert von Buxhövden. Plemiona estońskie stawiały heroiczny opór niemieckim wyprawom. W roku 1217 zakon kawalerów mieczowych wraz ze sprzymierzeńcami, odniósł zwycięstwo w tzw. bitwie w dniu św. Mateusza (która miała miejsce niedaleko Viljandi 21 września), podczas której zginął estoński wódz Lembitu. Okres 1208-1227 uważany jest przez dzisiejszych Estończyków za jedną z pierwszych walk narodowowyzwoleńczych. W tym czasie musieli oni stawiać czoła także naporowi ze strony Rusi Kijowskiej, Danii i Szwecji. Ostatecznie wojna zakończyła się utratą niezależności Estonii, rozpadem dawnych struktur plemiennych, katastrofą demograficzną (ludność zmalała o jedną trzecią) i zahamowaniem rozwoju kulturalnego wśród Estończyków na kilkaset lat.
Władze na terenie prawie całej Estonii sprawował biskup Ozylii, Dorpat oraz Zakon Krzyżacki. Głównymi ośrodkami elementu niemieckiego były warstwa rycerska (późniejsza szlachta) oraz miasta. Stosunki również były wzorowane na istniejących w Niemczech. Dotyczyło to między innymi systemu lennego, oraz wykształcenia się warstwy społecznej panów feudalnych. Od XIII w. tereny dzisiejszej Estonii i Łotwy pod nazwą Inflanty, dostały się pod panowanie Niemieckie. Administracja składała się ze swojego rodzaju konfederacji 5 państw: Stanowiły ją konfederacja zakonna, arcybiskupstwo ryskie oraz biskupstwo kurlandzkie, dorpackie oraz ozylijskie. Specyfika niemieckiego państwa zakonnego oraz wewnętrzne konflikty sprawiły, że Estończycy nie ulegli procesowi germanizacji, dzięki czemu przetrwali jako naród do dziś, mimo to wpływy kultury niemieckiej i skandynawskiej na Estończyków są bardzo silne.
Estonia duńska thumb|upright=1.2|Lata 1308-1455, Estonia jako część Prus Zakonnych z odkupioną od Danii częścią północną
W latach 1236–1346 północna część Estonii została podbita przez Królestwo Danii pod rządami króla Waldemara II Zwycięskiego. Stało się tak w wyniku zwycięstwa wojsk duńskich w bitwie pod Lyndanisse (niedaleko dzisiejszego Tallinna) w 1219 roku. Po okresie panowania duńskiego tereny zostały sprzedane państwu zakonnemu, które stanowiło inflancką gałąź Krzyżaków.
thumb|upright=1.2|left|Konfederacja Inflancka w 1260 roku thumb|upright=1.2|Państwo zakonne w 1466 roku
W 1227 roku kawalerowie mieczowi zdobyli ostatnią pogańską enklawę na wyspie Sarema. Po tym wydarzeniu przymusowa chrystianizacja pogańskich wspólnot w Estonii została zakończona. Tereny dzisiejszej Estonii zostały podzielone pomiędzy zakon kawalerów mieczowych będący inflancką gałęzią zakonu krzyżackiego, archidiecezję ryską, biskupstwo Ozylii, biskupstwo Dorpatu i biskupstwo Kurlandii. Te półautonomiczne księstwa biskupie tworzyły Konfederację Inflancką. Północna część Estonii – dzisiejsze dystrykty Harjumaa i Virumaa (w języku niemieckim Harrien i Wierland) – były nominalnymi posiadłościami duńskimi do 1346 roku. Rewel (dzisiejszy Tallinn) otrzymał prawo lubeckie w 1248 i wszedł w skład Hanzy pod koniec XIII wieku. Do końca XIII w większość miast Estonii należała do Hanzy, a także do Szwedów.
Z powodu niemieckiej dominacji, ludność rodzima została zepchnięta do roli poddanych feudalnych chłopów lub miejskiego plebsu. Ocenia się, że jedynie 2% szlachty było pochodzenia estońskiego. 23 kwietnia 1343 roku wybuchło pierwsze powstanie ludowe, było to tzw. (Jüriöö), skierowane przeciwko niemieckojęzycznym panom ziemskim. Zostało ono stłumione, a , rebeliancki król wyspy Saaremaa został powieszony w 1344 roku. W wyniku powstania i podobnych niepokojów król duński sprzedał swe inflanckie posiadłości Krzyżakom.
Pomimo wielu lokalnych rebelii i inwazji Wielkiego Księstwa Moskiewskiego w 1481 i 1558 roku, klasy rządzące były niemieckojęzyczne. Miało to ogromny wpływ na wprowadzenie od 1524 roku protestantyzmu w Estonii. Po walkach w XIV wieku arcybiskupstwo ryskie i zakon krzyżacki uzyskały niepodzielne panowanie na Inflantach, utrata pozycji nastąpiła na skutek przegranej wojny Krzyżaków z Polską i Litwą (bitwa pod Grunwaldem 1410). Od XV wieku Inflanty były obiektem zainteresowania Wielkiego Księstwa Moskiewskiego, Polski i Litwy, Danii i Szwecji. W 1558 roku car Iwan IV Groźny doprowadził do wybuchu wojny inflanckiej (1558-1570), która doprowadziła do dużego osłabienia kraju. thumb|Duńska flaga (Dannebrog) spadająca z nieba podczas bitwy pod Lyndanisse w 1219 roku
Wojny inflanckie
W 1525 roku zakon krzyżacki w Prusach został zsekularyzowany, a jego inflancka filia zaczęła podupadać. Szlachta inflancka zaczęła wiązać swą przyszłość z Polską, czemu próbował przeciwdziałać Iwan IV Groźny (ówczesny wielki książę moskiewski), który zawarł antylitewski sojusz z wielkim mistrzem krzyżackim. W 1557 roku król polski Zygmunt II August wyruszył z wyprawą zbrojną przeciwko zakonowi, która zakończyła się wymuszeniem przymierza przeciwko Moskwie, zawartego pomiędzy Królestwem Polskim a Krzyżakami 14 września 1557 w Pozwolu. W odpowiedzi na to Iwan IV Groźny zaanektował w 1558 roku Dorpat i Narwę. Wkrótce potem Dania zajęła Ozylię (1560), a Szwecja opanowała Rewel (1561). Z tego powodu nowy mistrz krajowy gałęzi inflanckiej zakonu krzyżackiego Gotthard Kettler zawarł 28 listopada 1561 r. pakt wileński z Rzecząpospolitą, na mocy którego dokonano sekularyzacji zakonu, a sam Kettler przeszedł na protestantyzm i został księciem Kurlandii i Semigalii (położonych na terenie dzisiejszej Łotwy), będących polskim lennem. Taki podział nie zadowolił jednak innych państw pragnących zachować swoje wpływy w Inflantach. thumb|upright|Herb Inflant polskich Zaowocowało to I wojną północną, konfliktem zbrojnym między Rzecząpospolitą a Rosją, do którego okresowo włączały się Dania i Szwecja. W wyniku działań wojennych Rosja zajęła Dorpat, Szwecja Estonię, a wyspy Sarema i Hiuma przypadły Danii. Konflikt pozostał nierozstrzygnięty, bo o ile w 1570 roku Dania i Szwecja zawarły pokój w Szczecinie, to pomiędzy Polską a Rosją podpisano jedynie rozejm.