DrugBank – ogólnodostępna i bezpłatna baza informacji o lekach, utworzona w 2006 roku przez zespół Craiga Knoxa i Davida Wisharta z Wydziału Informatyki i Nauk Biologicznych Uniwersytetu Alberty w Kanadzie. Łączy dane z dziedziny chemii, biochemii, genetyki, farmakologii i farmakokinetyki.
Baza zawiera informacje o prawie 4800 lekach, w tym: ponad 1350 małocząsteczkowych leków dopuszczonych przez FDA, 123 leki biologiczne (białka/peptydy) zatwierdzone przez FDA, 71 nutraceutyków, ponad 3243 substancji eksperymentalnych. Ponadto w bazie znajduje się ponad 2500 sekwencji białek będącymi celami biologicznymi leków.
Informacje w bazie DrugBank pochodzą głównie z 29 innych serwisów internetowych. Część informacji pochodzi z publikacji i podręczników.
Budowa bazy Leki w bazie podzielone są na kategorie: Approved – leki zaaprobowane przez FDA, o udowodnionej skuteczności działania, Biotech – leki otrzymywane metodami biotechnologicznymi (białka i peptydy), Small Molecule – leki niebędące polimerami lub kopolimerami, Nutraceutical – suplementy diety w formie farmaceutycznej, Experimental – leki stosowane w badaniach eksperymentalnych, Withdraw – leki wycofane z użycia w Kanadzie, Illicit – substancje nielegalne lub których użycie jest ściśle kontrolowane w Kanadzie.
Informacje o lekach zebrane są w postaci karty leku (ang. DrugCard). Każda substancja posiada oddzielną kartę z przypisanym unikatowym identyfikatorem w formacie DBnumerkarty, np. DB00203 (Sildenafil). Karta leku zawiera 103 pola, podzielone na trzy części: Drug Field (kolor niebieski) – pola dotyczące danego leku, Target Field (kolor czerwony) – pola dotyczące białka docelowego, Enzyme Field (kolor zielony) – pola dotyczące enzymu metabolizującego lek.
DrugBank umożliwia ściągnięcie: sekwencji białek/genów w formacie FASTA, wzorów strukturalnych wszystkich leków w formacie SDF, wszystkich kart leków w jednym pliku tekstowym (o rozmiarze około 85 MB).
Wyszukiwanie informacji DrugBank pozwala na wyszukiwanie informacji na cztery sposoby: Wyszukiwarka – wyszukiwanie poprzez podstawowe pola wyszukiwania znajdujące się na każdej podstronie serwisu lub cztery podtypy wyszukiwania, znajdujące się w zakładce Search: ChemQuery – zawiera cztery możliwości wyszukiwania: Structure – narzędzie pozwalające wyszukać narysowany dwuwymiarowy wzór strukturalny, Molecular Weight – filtr substancji w granicach podanych mas atomowych i typu leków, SMILES – wyszukiwanie na podstawie wpisanego kodu SMILES, Chemical Formula – wyszukiwanie substancji na podstawie wpisanego wzoru chemicznego. TextQuery – wyszukiwanie tekstowe z możliwością zastosowania operatorów oraz kilkudziesięciu komend, Sequence Search – wyszukiwanie na podstawie sekwencji w formacie FASTA oraz parametrów algorytmu BLAST, Data Extractor – narzędzie pozwalające na konstruowanie zapytań i wybieranie różnych sposobów wyświetlania informacji. DrugBank Browse – przeglądarka wszystkich leków zestawionych w tabeli i uszeregowanych według identyfikatora. Pharma Browse – przeglądarka, w której leki uszeregowane są według grup farmakologicznych w postaci listy. Geno Browse – przeglądarka łącząca efekt stosowania leku z konkretnym allelem genu.
Przypisy
Bibliografia
Linki zewnętrzne
Kategoria:Chemiczne bazy danych