thumb|300px|Panorama Kłodzka
Prehistoria Na dzieje i znaczenie Kłodzka wpłynęło jego położenie w północno-wschodniej części Kotliny Kłodzkiej na pograniczu polsko-czeskim.
W okolicy miasta istniało skupisko starego osadnictwa wczesnośredniowiecznego, a nawet wcześniejszego. Przez miasto przechodziła jedna z odnóg tzw. szlaku bursztynowego. Najstarsze jego ślady znaleziono na obecnych przedmieściach. Najdłuższą ciągłością osadniczą może poszczycić się Książek, gdzie odkryto osadę datowaną na VIII/IX w. Również na Jurandowie odkryto osadę z IX–XII w. Najprawdopodobniej na terenie miasta również istniało osadnictwo, być może na Fortecznej Górze, ale budowa twierdzy zniszczyła jego ślady.
Średniowiecze thumb|Herb Kłodzka nadany przez Przemysława Ottokara II w poł. XIII w., w wersji sprzed 1945 roku Pod koniec X wieku gród ten należał do suwerennego państwa libickiego, którego władcą był Sławnik, ojciec św. Wojciecha. Data śmierci Sławnika – 981 zanotowana przez czeskiego kronikarza Kosmasa jest pierwszą wzmianką historyczną o Kłodzku.
Przez cały XI w. ziemia kłodzka było terenem uporczywych walk między Piastami a Przemyślidami. W 1003 r. Kłodzko zostało opanowane przez Bolesława Chrobrego. Na przełomie XI/XII walczyli o te tereny ze sobą książęta czescy. W 1114 r. gród został zdobyty przez księcia Sobiesława I przez podpalenie, który już jako władca Czech dokonał jego odbudowy. Zawarł on także w 1137 r. pokój zielonoświątkowy z Bolesławem Krzywoustym, który potwierdził przynależność ziemi kłodzkiej do Czech.
W 2. połowie XII w. położone u stóp kasztelańskiego zamku, w północno-zachodniej części starego miasta podgrodzie zaczęło przekształcać się w osadę o charakterze rzemieślniczo-targowym, która zamieszkiwana była przez ludność słowiańską. Z kolei rejon obecnej ul. Łukasińskiego (na północ od rynku) kolonizowany był przez Niemców.
Kolonizacja niemiecka wzmogła się po przybyciu w 1169 r. do Kłodzka joannitów, którzy przejęli stary kościółek zwany pogańskim nad wschodnim urwiskiem Góry Zamkowej, a w 1183 r. objęli swoją opieką drugi pod wezwaniem św. Wacława w rejonie ul. Czeskiej. W pobliżu ul. Ząbkowickiej ulokowali swoją komturię, kościół i szpital.
thumb|left|Most gotycki z widokiem na kościół Matki Bożej Różańcowej Rozwinięta z podgrodzia osada targowa musiała znacznie wcześniej przekształcić się w miasto, zanim nastąpiła oficjalna lokacja. Niestety nie zachował się dokument lokacyjny, ale niektórzy historycy uważają, że mogło to nastąpić już w 1223 r. Natomiast herb przedstawiający lwa z rozdwojonym ogonem został nadany miastu dopiero za panowania Przemysła Ottokara (1253–1278). W związku z tym lokacja na prawie magdeburskim mogła mieć miejsce w latach 50. XIII w. Pierwsza wzmianka o wójcie kłodzkim pochodzi z 29 marca 1275 r. W miejsce kasztelanów władzę w mieście objęli wójtowie. W zamku wybudowanym po 1129 r. na Górze Zamkowej rezydowali starostowie – namiestnicy królewscy, zarządzający całą ziemią kłodzką.
Na zasadzie dożywotniego lenna ziemią kłodzką władali Piastowie śląscy: Henryk IV Probus (1278–1290), Henryk VI Dobry (1327–1335) i Bolko II ziębicki (1337–1341).
thumb|upright|Arnoszt z Pardubic, mecenas Kłodzka, pomnik w Kolegiacie Wniebowzięcia NMP w Kłodzku W wyniku lokacji uformował się nowy układ przestrzenny miasta, który z niewielkimi zmianami przetrwał do dzisiaj. W połowie XIII w. kłodzki organizm miejski był w pełni zasiedlony, skoro w obrębie ówczesnych drewniano-ziemnych umocnień zabrakło miejsca dla franciszkanów, którzy przybyli do Kłodzka w 1248 r. i zbudowali swój kościół i klasztor na Piasku. Od 1310 r. kłodzcy joannici prowadzili w mieście szkołę parafialną, której najwybitniejszym uczniem był późniejszy arcybiskup praski Arnoszt z Pardubic.
W 1324 r. miasto wykupiło wójtostwo. 20 lat później powstała pierwsza cegielnia, a Kłodzko zaczęło przeobrażać się z drewnianego w murowane: wzniesiono ratusz i kamienice na rynku, główne ulice zaczęto brukować kamienną kostką. W poł. XIV w. miasto otoczone było już nowymi murami obronnymi. W 1349 do Kłodzka za sprawą Arnoszta przybyli kanonicy regularni św. Augustyna, którym arcybiskup ufundował klasztor i kolegiatę na Górze Zamkowej. W jego skryptorium mógł powstać Psałterz floriański. Kanonicy regularni obok joannitów prowadzili w mieście drugą szkołę, słynącą z wysokiego poziomu nauczania, ponieważ realizowała program trivium i quadrivium.
Swoim testamentem Arnoszt z Pardubic (zmarł w 1364 r.) przekazał znaczne sumy na budowę w Kłodzku fary. Budowę prowadzili joannici, którzy na plac Kościelny przenieśli swoją komturię i szkołę. W końcu XIV w. powstał w Kłodzku kamienny most przez Młynówkę, włączony w system obwarowań miejskich, zamknięty dwiema bramami.
thumb|upright|Herb hrabstwa kłodzkiego, którego stolicą zostało Kłodzko w 1468 r. Rozwój Kłodzka został częściowo zahamowany przez wojny husyckie. Husyci w 1428 r. próbowali bezskutecznie zdobyć miasto. Do ponownego ożywienia doszło dzięki królowi Jerzemu z Podiebradów, który ustanowił miasto w 1458 r. siedzibą hrabstwa. Przystąpił on do przebudowy i rozbudowy zamku, w którym w 1472 r. zatrzymał się Władysław Jagiellończyk, zmierzający do Pragi na koronację. Mimo to panowanie Jerzego nie było zbyt pomyślne dla Kłodzka wskutek toczących się wojen z królem Węgier Marcinem Korwinem, którego popierał Wrocław. Za popieranie króla-husyty miasto zostało obłożone interdyktem. Poza tym prześladowały je liczne kataklizmy, takie jak powodzie, zarazy i pożary. W 1475 r. hrabia kłodzki Henryk I przekazał bernardynom zabudowania po joannitach i ufundował im kościół i klasztor. W 1475 na Piasek powrócili franciszkanie, którzy od rozpoczęcia wojen husyckich zajmowali prowizoryczne pomieszczenia w obrębie murów miejskich.
W 1501 r. Kłodzko i całe hrabstwo odkupił od Podiebradów Ulrich von Hardeck. Wiek XVI rozpoczął korzystny okres w dziejach miasta, trwający do wojny trzydziestoletniej. W tym czasie rozwijało się rzemiosło (ponad 16 korporacji cechowych), wzrosła liczba mieszkańców (do 6 tys.). Mieszczanie przywozili sól z Wieliczki, a eksportowali sukna, płótna, wyroby metalowe i piwo. W mieście powstają renesansowe kamienice o kilkukondygnacyjnych piwnicach. Miasto zbudowało wodociąg, wieżę ciśnień, łaźnię i szpital. W związku z rozwojem broni palnej nastąpiła modernizacja murów obronnych.
Panowanie Habsburgów thumb|left|Kłodzko w 1737 roku, rycina F.B. Wernera W 1526 r. Kłodzko wraz ze Śląskiem i Czechami przechodzi pod panowanie Habsburgów. Następuje kolejna przebudowa zamku (Lorenz Krischke). Powstaje miejska szkoła humanistyczna (1561 r.), a w 1597 r. gimnazjum jezuickie. W 1597 r. jezuici objęli klasztor poaugustiański. Okres ten naznaczony był konfliktami społeczno-religijnymi związanymi z reformacją. W 1562 r. luteranie stanowili większość mieszkańców Kłodzka, przejmując kościół parafialny. Reformacja przyczyniła się również do upadku klasztorów bernardynów i franciszkanów w mieście. Budynki klasztorne zamieniono na szpitale, a ogrody na cmentarze dla mieszkańców przedmieść.
Na początku wojny trzydziestoletniej Kłodzko opowiedziało się po stronie Fryderyka V, elektora Palatynatu. Obroną dowodził hr. Thurn. W 1622 r. miasto zostało zdobyte przez Austriaków dowodzonych przez hr. Liechtensteina przy użyciu artylerii. Zniszczeniu uległ zamek, który Austriacy postanowili zamienić w twierdzę. Pracami fortyfikacyjnymi kierował w latach 1680–1702 Jakob Carova według projektu Saebischa. W 1624 r. do Kłodzka powrócili jezuici (wygnani w 1618 r.), przejmując kościół parafialny i dokonując jego barokizacji. Budują też w jego pobliżu kolegium i konwikt. Do miasta wrócili również franciszkanie, którzy odzyskali swoje dobra na Piasku. Odbudowujące się Kłodzko jest doświadczane przez liczne epidemie (1680, 1714) i wielką powódź (1783 r.).
Panowanie pruskie/niemieckie thumb|left|Panorama Kłodzka na początku XIX w. W czasie I wojny śląskiej Kłodzko na mocy pokoju wrocławskiego (1742 r.) przeszło pod panowanie Prus. Fryderyk II Wielki doceniając strategiczne położenie miasta przystąpił do modernizacji fortyfikacji poaustriackich i rozbudowy twierdzy. W czasie wojny siedmioletniej Austriacy zdobyli miasto w 1760 r., ale musieli je zwrócić Prusom na mocy pokoju w Hubertusburgu (1763 r.).
Ostatni raz twierdza oblegana była podczas wojen napoleońskich w 1807 r. W 1810 r. dokonano sekularyzacji dóbr kościelnych, m.in. klasztor franciszkanów przeznaczono na szpital, a kościół na świątynię garnizonową. Pierwsza połowa XIX w. to okres zastoju zmilitaryzowanego i pozbawionego czynników rozwoju miasta. Korzystniejsza infrastruktura nastąpiła w 2. poł. stulecia. Pobudowano wówczas większość szos łączących Kłodzko z innymi miastami w okolicy. W latach 1862–1905 wybudowano linie kolejowe. Kłodzki węzeł kolejowy dawał połączenia z Wrocławiem, Wałbrzychem, Kudową i Stroniem. Utworzone w 1881 r. Kłodzkie Towarzystwo Górskie przyczyniło się do rozwoju turystyki. W latach 1864–1874 w dzielnicy Jurandów wzniesiono nowy, olbrzymi kompleks szpitalny.
thumb|Tablica upamiętniająca uwięzienie Wojciecha Kętrzyńskiego w Kłodzku W XIX wieku polscy działacze niepodległościowi byli więzieni przez Prusaków w Twierdzy Kłodzko, w tym Włodzimierz Adolf Wolniewicz, Wojciech Kętrzyński, Maksymilian Braun, Augustyn Szamarzewski.
W 1877 r. zniesiono status twierdzy i zezwolono na swobodną rozbudowę miasta. Rozbrojoną twierdzę wykorzystywano na magazyny oraz więzienie dla jeńców wojennych i więźniów politycznych. W latach 1880–1911 nastąpiła rozbiórka bram i większości murów miejskich. Wybudowano w tym czasie nowe gmachy publiczne (poczta, sąd, więzienie, starostwo) i urządzenia komunalne (gazownia, wodociągi z kanalizacją). W 1890 r. odbudowano po pożarze ratusz. Dokonano przebudowy parterów wielu zabytkowych kamienic w obrębie Starówki, adaptując je na pomieszczenia sklepowe. Następuje rozbudowa miasta w kierunku południowym, wschodnim i zachodnim (dwa ostatnie kierunki hamowane przez niekorzystne ukształtowanie terenu).
Na dwudziestolecie międzywojenne przypada dalsza rozbudowa miasta. Powstają nowe osiedla otaczające centrum Kłodzka, takie jak: Krzyżna Góra, Nowy Świat. Rozbudowie ulega Przedmieście Zielone (okolice obecnych ulic: Jana Pawła II, Hołdu Pruskiego).
II wojna światowa thumb|upright|Tablica upamiętniająca 1500 Polaków więzionych w Twierdzy Kłodzkiej jako robotnicy przymusowi nazistowskich Niemiec