Po 18 miesiącach pobytu w Lejdzie przeniósł się do Paryża, gdzie studiował przez następne 9 miesięcy, a następnie kontynuował studia w Angers, gdzie otrzymał dyplom lekarski w 1662 roku. Po ukończeniu studiów powrócił do Szkocji, zatrzymując się po drodze trzy miesiące w Londynie. W 1685 roku został mianowany pierwszym profesorem medycyny na Uniwersytecie Edynburskim. Został oficjalnym lekarzem króla Karola II w 1682 i Jakuba II w 1685 roku. thumb|left|Siedziba Królewskiego Kolegium Lekarskiego w Edynburgu
W 1686 roku przeszedł na wiarę katolicką. Było to szokiem dla jemu współczesnych, tłumy demonstrowały przed jego mieszkaniem. Sibbald był zmuszony do ustąpienia ze stanowiska prezesa Kolegium Lekarskiego, sam schronił się w Londynie. W tym samym roku powrócił do kościoła protestanckiego i wrócił do Edynburga.
W tym czasie klęski głodu nawiedzały Szkocję i Anglię. Sibbald był wyczulony na te niekorzystne czynniki wpływające na stan zdrowia. W dziele Provision for the poor ... opisywał rozpowszechnione przypadki głodu i szalejące epidemie w kraju, formułował konieczność stosowania środków zaradczych.