Korzystając z protekcji Burbonów, Pérez de Estala rozwijał również karierę urzędniczą. Kiedy w 1799 królowa Maria Ludwika odwiedziła fabrykę, zajmował już stanowisko comisario ordenador armii królewskiej oraz cieszył się przywilejem szlacheckim nadanym jemu i dzieciom Ortiza przez Karola IV. Należał do prestiżowego Królewskiego Madryckiego Towarzystwa Ekonomicznego Przyjaciół Kraju, miał też pałac w stolicy Hiszpanii przy placu del Ángel. Od 1808 zaczął kolekcjonować dzieła sztuki z pomocą rytownika Pedra Gonzáleza de Sepúlvedy. Być może z okazji jednego z awansów zamówił u nadwornego malarza Francisca Goi swój portret, który powstał ok. 1800–1805.
Po śmierci teścia w 1788 został zarządcą fabryki. Szybko przystąpił do modernizacji zakładu, planował wprowadzenie maszyn hydraulicznych, na które zaciągnął wysokie kredyty. Nie wiadomo, czy udało mu się je zainstalować – w latach 90. fabryka miała problemy finansowe. Kierował nią do 1805, kiedy tę funkcję przejął jedyny syn Ortiza, Bartolomé. Nie wiadomo, co działo się z fabryką w czasie wojny na Półwyspie Iberyjskim toczonej w latach 1808–1814, możliwe, że w 1809 została ograbiona przez wojska francuskie.