Pajączkowskiemu w „sprawach kolejowych, obliczaniu stanów liczebnych, sporządzaniu map i wykresów oraz odcinka gen. Fabrycego na wschodzie”. W czasie kampanii wrześniowej 1939 pełnił służbę w Oddziale IV Sztabu Naczelnego Wodza na stanowisku referenta w Wydziale Zaopatrywania. Razem z personelem Oddziału IV Sztabu NW został ewakuowany do Rumunii.
Po wybuchu II wojny światowej przedostał się na Zachód i wstąpił do armii polskiej we Francji. W stopniu majora został szefem sztabu 2 pułku Grenadierów Wielkopolskich i w tej funkcji uczestniczył w kampanii francuskiej 1940. Po upadku Francji trafił do Wielkiej Brytanii i został oficerem Polskich Sił Zbrojnych. W stopniu podpułkownika objął stanowisko dowódcy 8 kompanii batalionu Strzelców Podhalańskich 7 Brygady Kadrowej Strzelców.
Był żonaty i miał syna Jerzego (ur. 1 stycznia 1926).