Kariera trenerska „Najlepszy szkoleniowiec jakiego poznałem? Manuel Fernández. Był pierwszym trenerem, którego spotkałem w Racingu i to on najwięcej mnie nauczył.”— Lautaro Martínez (2018) Jeszcze podczas swojej gry w piłkę Fernández studiował w Argentynie wychowanie fizyczne. W kolejnych latach był jednym z najbliższych współpracowników Fabio Radaellego, szefa akademii juniorskiej klubu CA Tigre. W latach 2009–2012 pracował w Tigre najpierw jako dyrektor klubowego internatu, a następnie asystent trenera Gustavo Acosty w drużynie rezerw. W 2012 roku przez sześć miesięcy był koordynatorem grup młodzieżowych w trzecioligowym Central Norte. W latach 2012–2015 wraz ze swoim przełożonym Radaellim pracował w słynnej akademii młodzieżowej krajowego potentata – zespołu Racing Club de Avellaneda. Początkowo był asystentem w rezerwach, zaś potem samodzielnie prowadził drużyny do lat piętnastu i siedemnastu. Jego podopiecznymi byli w tamtym czasie między innymi Lautaro Martínez czy Brian Mansilla. Trzykrotnie pracował z pierwszym zespołem jako asystent tymczasowego trenera (dwukrotnie Radaellego i raz Nacho Gonzáleza).