Saintes znajduje się w środkowo-wschodniej części departamentu Charente-Maritime, w historycznej krainie Saintonge. Zabudowa rozciąga się po obu stronach Charente, przy czym najstarsze dzielnice rozwinęły się przede wszystkim na lewym brzegu rzeki.
Miasto leży około 33 km na północny wschód od Royan, około 25 km na zachód od Cognac, około 60 km na południowy wschód od La Rochelle i około 100 km na północ od Bordeaux.
Geologia Nazwa geologicznego piętra santon (ang. Santonian), należącego do późnej kredy, pochodzi od Saintes. Piętro to zostało wyróżnione przez francuskiego geologa Henriego Coquanda w 1857 roku; jego obszar typowy obejmował okolice Saintes.
Podłoże znacznej części miasta i okolic tworzą wapienie wieku santońskiego. Kamień ten był przez stulecia wykorzystywany jako miejscowy materiał budowlany; dawne kamieniołomy istniały m.in. w rejonie wzgórza Capitole i BellevueSaintes, plus de 2000 ans d'histoire illustrée, Société d'archéologie et d'histoire de la Charente-Maritime, Saintes 2001, s. 11–14..
W dolinie Charente podłoże kredowe przykrywają młodsze osady rzeczne i tereny zalewowe.