Kariera muzyczna Lata 60. W 1963 został wokalistą amatorskiego zespołu The Wild Flowers. W jego składzie znaleźli się przyszli członkowie zespołu Caravan oraz Robert Wyatt i Hugh Hopper. W 1965 roku Ayers wyjechał z Wielkiej Brytanii. Na Majorce poznał ekscentrycznego artystę, Daevida Allena. W 1966 powrócił do Wielkiej Brytanii. W sierpniu tego samego roku w Canterbury kilku członków The Wild Flowers (wśród nich Ayers) założyło zespół Soft Machine. Ayers został jego wokalistą, gitarzystą i basistą. Skład uzupelniali: Mike Ratledge – instrumenty klawiszowe, flet, Daevid Allen – gitara i Robert Wyatt – śpiew, perkusja, instrumenty klawiszowe, trąbka. Obok Pink Floyd Soft Machine regularnie grał w klubie UFO w Londynie, stając się jedną z kluczowych grup tamtych czasów.
Choć Wyatt jest często uważany za głównego twórcę w Soft Machine, to wkład Ayersa od początku był jednakowo znaczący. Poza graniem na basie, napisał i zaśpiewał wiele z utworów zespołu. Można go było usłyszeć na demach z 1967 oraz debiutanckim albumie zespołu, The Soft Machine z 1968. W 1968 Soft Machine koncertował w Stanach Zjednoczonych jako support The Jimi Hendrix Experience. Ayers poczuł się znużony i rozczarowany intensywnym koncertowaniem.