W 1577 roku pięć zakonnic koncepcjonistek, zostało wysłanych do Quito, ówczesnej kolonii hiszpańskiej w Ameryce Południowej, celem założenia tam klasztoru. Jedną z nich byłą Maria de Jesús Taboada, ciotka Marianny Franciszki. Marianna Franciszka zdecydowała się udać tam wraz z nimi jako jedna z zakonnic.
W ten sposób rozpoczęła tam swe życie zakonne, które płynęło wedle ówczesnych zwyczajów w atmosferze surowych umartwień. Klasztor szybko się rozrastał i przyjmował nowe zakonnice. Marianna Franciszka wyróżniała się pobożnością i gorliwością w wykonywaniu swoich obowiązków. Matki założycielki były zadowolone z młodej nowicjuszki. Jednak niektóre siostry jawnie okazywały zazdrość, prześladowały ją i rozsiewały oszczerstwa.
W 1593 roku ciężko zachorowała Maria de Jesús Taboada, ciotka Marianny Franciszki i pierwsza przełożona klasztoru. W tym też roku Marianna Franciszka została wybrana na jej następczynię. Maria de Jesús Taboada zmarła 4 października 1594 roku. Wkrótce po tym grupa zakonnic nawiązała spisek przeciwko nowej przełożonej domagając się złagodzenia reguły i zwolnienia od kierownictwa duchowego ojców Franciszkanów, uważanych za bardzo gorliwych i surowych zakonników.