Po wprowadzeniu na Pomorzu reformacji w 1534 roku również stargardzki kościół przeszedł na rzecz wyznania luterańskiego. W XVII wieku świątynia, podobnie jak całe miasto, poważnie ucierpiała w wyniku pożaru w 1635 roku. Pożar który zniszczył sklepienia i wieże. Odbudowa trwała około 25 lat i zakończyła się około 1655 roku. W latach 1723-1724 wnętrze zyskało barokowy wystrój, który w latach 1819-1824 pod kierunkiem K. Liebenowa zastąpiono neogotyckim. Regotyzację przeprowadzano ponownie na przełomie XIX i XX wieku (w czasie konserwacji w latach 1905-1911 pod kierunkiem H. Denekego). Po zakończeniu przez niego prac, ponowne poświęcenie świątyni odbyło się 30 sierpnia 1911 w obecności pary cesarskiej – Wilhelma II i Augusty Wiktorii.
W czasie II wojny światowej w 1945 roku pożar ponownie uszkodził kościół, zniszczył hełm wieży północnej i dach, zaś wnętrze zostało zdewastowane. Po prowizorycznej odbudowie w latach 1946–1948 budynek przeszedł prace zabezpieczające i rekonstrukcyjne i był wykorzystywany jako magazyn aż do 1957 roku, kiedy to kard. Stefan Wyszyński rekonsekrował kościół 30 listopada 1957 roku. Odbudowa trwała dalej i w 1962 roku przywrócono wieży hełm; w roku 1966 został ufundowany witraż poświęcony patronce parafii, NMP Królowej Świata;