Występuje od 730 do 1000 m n.p.m.
W Niemczech nornik bawarski występował na łąkach piętra alpejskiego, przy czym jedno z miejsc występowania zostało zniszczone w trakcie budowy szpitala, a drugie wskutek przekształcenia w pastwisko. W Austrii zamieszkuje otwarty las mieszany, w którym dominują świerki i występują liczne potoki.
Tryb życia Gryzoń ten prowadzi naziemny tryb życia, kopie nory. Ma kilka faz aktywności w ciągu doby. Poza norami najaktywniejszy jest jesienią, biega w ukryciu gęstej roślinności. Żywi się korzeniami i zielonymi częściami roślin, konkurując o pokarm z nornikiem zwyczejnym (M. arvalis) i darniowym. Polują na niego łasice, lisy, sowy i ptaki drapieżne. Niewiele wiadomo o jego rozrodzie; samice rodzą młode 2–3 razy w roku.
Populacja Nornik bawarski w Niemczech ostatni raz był widziany w 1962 roku. Został uznany za gatunek wymarły. Zadziałał tu jednak tzw. efekt Łazarza: w latach 1976–77 odkryto populację żyjącą w Tyrolu, którą w 2000 roku przypisano do gatunku Microtus bavaricus na podstawie badań genetycznych i kariologicznych. Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody uznaje nornika bawarskiego za gatunek krytycznie zagrożony.