Wody silnie zmienione to takie akweny czy cieki, które powstały na skutek fizycznego przekształcenia już istniejących wód naturalnych, w odróżnieniu od wód sztucznych, powstałych od podstaw. W związku z tym sztuczny zbiornik wodny powstały na skutek piętrzenia wód rzecznych, czyli zbiornik zaporowy, jest w tym ujęciu przykładem wód silnie zmienionych, a powstały w wyniku zalania wyrobiska, np. zbiornik poeksploatacyjny – sztucznych. Jest tak również wtedy, gdy silnie zmieniona część wód obejmuje obszary poprzednio lądowe, jak i gdy sztuczna część wód wchłania drobne naturalne zbiorniki czy cieki. Ten pierwszy przypadek oprócz zalania doliny rzecznej przez wody zbiornika zaporowego dotyczy sytuacji, gdy w ramach regulacji zmieniony jest przebieg koryta rzeki. Określenie wód jako silnie zmienione w tym ujęciu dotyczy wyłącznie zmian fizycznych (morfologicznych i hydrologicznych). Przekształcenie parametrów fizyczno-chemicznych (zanieczyszczenie) nie jest podstawą do uznania wód za silnie zmienione.