Jeden z przywódców ormiańskich Tigran Andreassian wszedł na pokład i poprosił o ewakuację przynajmniej kobiet, dzieci i osób starszych. Fournet wysłał telegram do admiralicji, na który odpowiedź otrzymał dopiero trzy miesiące po ewakuacji z pytaniem, gdzie jest Musa Dagh.
Ryzykując swoją karierę samodzielnie podjął decyzję o ewakuacji ocalałych. Pod tureckim ostrzałem w dniach 12 i 13 września w ciągu szesnastu godzin przewieziono łodziami na pięć statków 4085 Ormian. Zostali oni wysadzeni w Port Said w Egipcie, który w przeciwieństwie do Cypru zgodził się przyjąć uchodźców. Fournet w grudniu 1916 roku został zwolniony z wojska. Ożenił się, ale nie miał dzieci. Napisał wspomnienia, które zostały wydane w Paryżu w 1920 roku Les souvenirs de guerre d’un amiral. Mieszkał w okolicach Saint-Chamassy i gdy zmarł w 1940 roku został pochowany na miejscowym cmentarzu.