Ukształtowanie powierzchni Rzeki thumb|Rzeka Bahr el Ghazal Rozległe równiny i płaskowyże Sudanu Południowego są osuszane przez rzekę Nil i jej dopływy. Nil płynie z południa na północ i przecina kraj w jego wschodnio-centralnej części. Przepływa przez stolicę kraju, Dżubę. Na terenie Sudanu Południowego od granicy z Ugandą nosi on nazwę Nil Górski. W centralnej części kraju znajduje się gliniana równina, której środek zajmuje ogromny bagienny region zwany Sudd (Al-Sudd). Od bagien Sudd rzeka nosi nazwę Nil Biały.

Najważniejsze rzeki Sudanu Południowego: Akobo Bahr al-Arab Bahr el Ghazal Baro Nil Nil Biały Pibor Sobat

Góry W południowo-wschodniej części kraju, w regionie Ekwatoria, znajduje się pasmo górskie Imatong (Immatong). Na południowo-wschodnim krańcu pasma znajduje się najwyższy szczyt Sudanu Południowego Kinyeti (3187 m n.p.m.). Na południu pasmo przechodzi w położone w północnej Ugandzie góry Agoro.

Fauna thumb|Kob nilowy Sudan Południowy jest drugim na świecie obszarem zamieszkiwanym przez migrujące gatunki fauny.