21 stycznia 1941 papież Pius XII wyznaczył go arcybiskupem San Antonio. Zarówno w Amarillo, jak i w San Antonio abp Lucey angażował się w obronę słabo wynagradzanych pracowników, głównie pochodzenia meksykańskiego i afroamerykańskiego – San Antonio znane było wówczas z taniej siły roboczej z Meksyku. Sam nakazał wypłacać sprawiedliwe pensje, ustalone ze związkami zawodowymi, pracownikom zatrudnionym przy inwestycjach prowadzonych przez archidiecezję. Za swoją działalność został okrzyknięty przez Time najbardziej świadomym społecznie new dealerem wśród hierarchii rzymskokatolickiej. W 1945 założył Komitet Biskupów ds. Osób Mówiących po Hiszpańsku, na czele którego stał do 1969.
W 1950 z nominacji prezydenta Harry'ego Trumana został członkiem komisji do spraw pracowników migracyjnych. Arcybiskup Lucey wygłosił przemówienie na inauguracji prezydenckiej Lyndona B. Johnsona, a następnie był członkiem rady doradczej prezydenta Johnsona ds. walki z ubóstwem.
Dbał również o komunikację z wiernymi. Założył gazetę archidiecezjalną i rozwinął duszpasterstwo wśród Latynosów i Afroamerykanów. Jako ojciec soborowy wziął udział w soborze watykańskim II.