mały|Wielki Bojarski Dwór (gród) z cerkwiami Zaśnięcia Matki Bożej i św. Mikołaja Pod wrażeniem tej klęski Iwan III polecił Iwanowi Gundorowi oraz Michaiłowi Klapinowi przebudowę twierdzy i jej powiększenie. Kompleks obronny rozbudowano od strony wschodniej. Nową część fortecy nazwano Wielkim Dworem (lub grodem) Bojarskim. Był on wzniesiony na planie prostokąta, z trzema basztami w narożnikach, wzniesionymi na planie kwadratów. Na terenie twierdzy wzniesiono dwie cerkwie: Zaśnięcia Matki Bożej oraz św. Mikołajametropolita Korneliusz, W. Siłowjew, W. Wołochonski, S. Glinkale, W. Iljaszewicz, I. Łapszyn, S. Miannik, J. Sieliwierstowa, F. Hirvoja, Prawosławnyje chramy Estonii-Eesti Oigeusu Kirikud-The Orthodox churches in Estonia, Tallinn-Moskwa 2007, s. 80.. W 1502 r. rozbudowana Twierdza Iwangorodzka wytrzymała szwedzkie oblężenie. Pięć lat później twierdzę otoczono dodatkowymi murami i basztami, by dodatkowo wzmocnić ją od strony rzeki. W odpowiedzi na rozbudowę Iwangorodu po drugiej stronie rzeki wzniesiono basztę Długi Herman. Po raz ostatni Twierdzę Iwangorodzką powiększono na początku XVII w., od strony północnej, o część nazwaną Przednim Miastem.