Konstrukcja Rafako E-Bus jest niskopodłogowym autobusem miejskim projektowanym od początku jako pojazd bateryjny. Konstrukcja została wykonana w sposób modułowy, umożliwiający produkcję pojazdu w trzech podstawowych wersjach – miejskiej, podmiejskiej i szkolnej, a także na rozwinięcie konstrukcji o kolejne modele o innych długościach. Napęd autobusu stanowi trójfazowy silnik synchroniczny DANA o mocy 140 kW i o sprawności do 94,5%. W wersji miejskiej zastosowano baterie o krótkim czasie ładowania LTO o pojemności 62,9 kWh pozwalające na przejechanie na jednym ładowaniu ok. 70 km i o czasie ładowania do 90% 15 min, natomiast w wersji podmiejskiej i szkolnej – baterie NMC o pojemności 142,1 kWh z zasięgiem na jednym ładowaniu do 140 km. Ładowanie odbywa się metodą plug-in, opracowywane jest ładowanie pantografem. Baterie w pojeździe umieszczono w całości pod podłogą, co jest dotąd niespotykanym rozwiązaniem na rynku autobusów elektrycznych. Pozwala to na obniżenie środka ciężkości pojazdu, poprawia jego stabilność, a także zmniejsza całkowitą wysokość pojazdu, która wynosi jedynie ok. 3,2 m.