Kiedy w 1810 r. wybuchły walki o niepodległość Meksyku, jeden z tutejszych księży – José Antonio Díaz poprowadził powstańców, którzy chcieli przyłączyć się do Miguela Hidalgo – przywódcy rebeliantów. Jednakże wkrótce rojaliści opanowali sytuację i zapobiegli opanowaniu Colimy przez zwolenników niepodległości. Dopiero w 1821 r. wojska hiszpańskie w tym rejonie zrezygnowały z walki.
W 1823 r. Colima została włączona do stanu Jalisco. W 1857 r. Colima została uznana za pełnoprawny stan. Przez okres trzech miesięcy Colima była też stolicą kraju w czasie walki stronnictwa liberałów z interwencja francuską w latach 60. W listopadzie 1864 r. Francuzi opanowali Colimę. Po pokonaniu Francuzów stan udzielił poparcia najpierw Benito Juárezowi a później Porfirio Díazowi. Diaz później faworyzował Colimę przy inwestycjach gospodarczych. Dzięki temu szybko zbudowano tu kolej a także infrastrukturę, która przyczyniła się znacząco do rozwoju rolnictwa i innych działów gospodarki.