Ruch oporu Od 1941 Xenakis był aktywnym członkiem greckiego ruchu oporu (ELAS) walczącego z hitlerowskim okupantem. Następnie, w czasie greckiej wojny domowej, brał m.in. udział w walkach przeciwko brytyjskim czołgom, podczas których został poważnie ranny w twarz i stracił wzrok w lewym oku. W 1946 został wcielony do narodowych sił zbrojnych, ale zdezerterował dowiedziawszy się o obozach koncentracyjnych, do których wysyłano byłych bojowników ELAS. Uciekł z kraju i w listopadzie 1947 dotarł do Francji, zamierzając emigrować do USA. Jednak wobec braku dokumentów i pieniędzy został zmuszony do pozostania w Paryżu. W tym czasie, w procesie politycznym w Grecji, został oskarżony o terroryzm i zaocznie skazany na śmierć i pozbawiony greckiego obywatelstwa.
Architektura W latach 1947–1959 współpracował ze słynnym architektem Le Corbusierem, biorąc udział w realizacji wielu projektów, m.in. przedszkola na dachu budynku mieszkalnego w Nantes-Rezé (Unité d’Habitation of Nantes-Rezé) oraz budynków komunalnych w Czandigarh w Indiach. Zaprojektował też szklaną fasadę monastyru Sainte Marie de La Tourette nieopodal Lyonu. Ostatnim i największym projektem architektonicznym, przy którym współpracował z Le Corbusier był pawilon Philipsa zamówiony na Światową Wystawę w Brukseli w 1958.