W 1600 Henryk IV poślubił Marię Medycejską i kiedy rok później para królewska spodziewała się potomka, Henryk postanowił zatrudnić położną. Król planował zatrudnić Madame Dupuis, która była położną jego metresy Gabrielle d’Estrees, jednak Maria Medycejska nalegała na wybór Bourgeois. Po nominacji otrzymała przywilej noszenia czerwonego aksamitnego czepka i złotego łańcucha. Między 1601 i 1610 Bourgeois opiekowała się królową w sześciu ciążach. W 1627 r. Bourgeois uczestniczyła w porodzie księżnej orleańskiej Marii. Kobieta urodziła córkę Annę Marię, ale kilka dni później zmarła na skutek komplikacji poporodowych. Raport z autopsji podpisany przez 10 lekarzy uznał Bourgeois za częściowo winną, z czym ona stanowczo się nie zgadzała, jednak jej popularność na dworze zaczęła spadać. W następnych latach skupiła się na pisaniu książek o położnictwie.