W bocznych ścianach nawy, wewnątrz łuków, na prawo drzwi prowadzące na Triq Doni, na lewo zaś do małego ogródka. Kwadratowe w kształcie przecięcie nawy z płytkim transeptem przykryte jest płaską kopułą, w literaturze anglojęzycznej nazywaną sail dome, wspartą pendentywami na ośmiu doryckich pilastrach, których pary połączone są łukami. W centrum kopuły znajduje się okrągły świetlik. W płytkim prezbiterium, oddzielonym od nawy marmurowymi balaskami, znajduje się ołtarz z obrazem przedstawiającym Maryję Niepokalaną wśród chmur, stojącą na łuku księżyca, z aniołkami wokół. Sposób przedstawienia Maryi na tym obrazie tradycyjnie związany jest z Niepokalanym Poczęciem, stąd wezwanie kościoła jest czasem błędnie podawane jako „Kuncezzjoni” (). Obraz umieszczony jest we wspaniałym reredos, skomponowanym z dwóch grup pilastrów, wspierających belkowanie z kartuszem, z inskrypcją wewnątrz. Ponad całością góruje nisza z obrazem Duch Święty. Nad wejściem znajduje się galeria organowa.