Od 1809 roku, aby nie stracić pozycji nadwornego malarza, był zmuszony – podobnie jak Francisco Goya – do pracy dla okupacyjnego rządu Józefa Bonapartego. W przeciwieństwie do Goi nie uniknął konsekwencji i po powrocie Ferdynanda VII na tron został usunięty ze stanowiska za służbę dla obcego króla. Zmarł 21 sierpnia 1814 roku, na krótko przed ogłoszeniem przez króla amnestii. Jego syn Manuel Carnicero Weber był bibliotekarzem odpowiedzialnym za królewskie zbiory na dworze Izabeli II Hiszpańskiej.
Dzieła Carnicera w Muzeum Prado Widok na Albuferę w Walencji – olej na płótnie, 64 × 85 cm, około 1783 [P000640] Wzniesienie się balonu Montgolfierów w ogrodach Aranjuezu – olej na płótnie, 169 × 279,5 cm, około 1784 [P000641] Portret Tomasy de Aliagi – olej na płótnie, 94 × 69 cm, około 1787 [P002649] Torreador – olej na płótnie, 41 × 28 cm, 1775 – 1800 [P002786] Święty Franciszek głoszący kazanie ptakom – olej na płótnie, 216 × 272 cm, 1788–1789 [P003485] Święty Franciszek obcinający włosy Klary z Asyżu – olej na płótnie, 217 × 273 cm, 1787–1789 [P003487] Święty Franciszek rozmawiający z mężczyzną – olej na płótnie, 216 × 274 cm, 1788–1789 [P003489] Objawienie Matki Boskiej świętemu Franciszkowi – olej na płótnie, 216 × 273 cm, 1788–1789 [P003490] Zatwierdzenie franciszkańskiej reguły przez papieża Innocentego III – olej