Między 5 a 7 lipca do Zaleszczyk przybył transport, w którym znajdowały się dwa lub trzy zaplombowane wagony wypełnione więźniami. Najprawdopodobniej zostali oni przywiezieni z więzień w Czortkowie i Kołomyi. Z napisów znajdujących się na wagonach świadkowie wywnioskowali, że w transporcie przewożeni byli Polacy. Kolejarze usłyszeli także dochodzące z wagonów głosy w języku polskim. Jedna z więźniarek miała krzyczeć, iż więźniowie zostali przywiezieni z Czortkowa, dodając, że podczas trzydniowej podróży ani razu nie otrzymali wody. W transporcie zapewne znajdowali się także liczni więźniowie narodowości ukraińskiej. Jedną z ofiar zidentyfikowano później jako Pawło Kutyka – przewodniczącego Masłosojuzu w Zaleszczykach.
Istnieją rozbieżne wersje na temat dalszego przebiegu wydarzeń. Według jednej, Sowieci wprowadzili wagony na most kolejowy nad Dniestrem, po czym zdetonowali podłożone pod nim ładunki wybuchowe. Kolejna głosi, że już po wysadzeniu mostu wagony zepchnięto do rzeki przy pomocy lokomotywy. Jeszcze inna informuje, że niektóre wagony wysadzono wraz z mostem, a inne zepchnięto do rzeki wraz z doczepionymi cysternami z benzyną, co spowodowało, że Dniestr „zapłonął na całej szerokości”.