Klasztor Lichtenthal przetrwał okres reformacji mimo zmian wyznaniowych wśród władców badeńskich i ograniczenia źródeł swoich dochodów. Po soborze trydenckim stał się ośrodkiem, z którego wysyłano zakonnice do odnawiania zlikwidowanych w okresie reformacji innych okolicznych klasztorów. W kolejnych dwóch stuleciach klasztor jednak kilkakrotnie był zagrożony zniszczeniem w wyniku toczących się w okolicy wojen. Na początku lat 90. XVII w. zakonnice musiały na kilka lat opuścić klasztor wobec zagrożenia działaniami wojennymi w ramach wojny z Francją. Zniszczenia w klasztorze spowodowały jego przebudowę w XVIII w. i nabranie przezeń kształtu barokowego; kościół odnowiono w latach 1723–1724.
W epoce sekularyzacji instytucji kościelnych klasztor jako jeden z nielicznych przetrwał. Co prawda odebrano mu majątki ziemskie i zmuszono do wykazania przydatności dla społeczeństwa (czego efektem było otwarcie szkoły dla dziewcząt), jednak jako nekropolia władców Badenii nie został rozwiązany. Przetrwał także epokę Kulturkampfu, podczas której dla zabezpieczenia losu zakonnic na wypadek rozwiązania klasztoru, zakonnice w 1883 otwarły klasztor filialny w St. Pauls w Austro-Węgrzech i nadal istnieje.