Gdy nowożytni obserwatorzy przyrody zaczęli rozwijać systemy klasyfikacji istot żywych, umieszczali każdy „rodzaj” zwierzęcia i rośliny w pewnym kontekście. Wiele z tych dawnych schematów klasyfikacji można dziś uznać za dziwaczne: były wśród nich wytyczne oparte na kolorach (wszystkie rośliny o żółtych kwiatach) czy zachowaniu (węże, skorpiony i pewne mrówki). John Ray, angielski przyrodnik, jako pierwszy podjął się sformułowania biologicznej definicji gatunku (1686):
thumb|upright|Karol Linneusz opracował binominalne nazewnictwo gatunków
W XVIII wieku szwedzki przyrodnik Karol Linneusz sklasyfikował organizmy ze względu na współdzielone przez nie cechy fizyczne, nie tylko różnice między nimi. Zakorzenił ideę taksonomicznej hierarchii w klasyfikacji organizmów, która oparta być miała na obserwowalnych cechach i docelowo powinna odzwierciedlać naturalne powiązania organizmów ze sobą. Ówcześnie powszechne było przekonanie, jakoby między gatunkami nie było naturalnych powiązań, niezależnie od ich podobieństwa. Stanowisko to wspierane było przez uczonych z tamtych lat i edukację religijną, wedle której kategorie, w których zawierają się organizmy żywe, dyktował Bóg. Ułożone były w arystotelesowskiej hierarchii, drabinie bytów.