Po I wojnie światowej wrócił do Wiednia by wraz z Schönbergiem i Bergiem założyć Towarzystwo Muzyczne, w którego pracach aktywnie uczestniczył przez następne lata. Jednocześnie współpracował z radiem wiedeńskim i pracował jako nauczyciel muzyki w Żydowskim Instytucie dla Niewidomych. Mieszkał i komponował w Mödling. W 1932 przeniósł się do Wiednia, a stamtąd do Maria Enzersdorf. Stale uczył prywatnie. Jego uczniami w różnym okresie byli m.in. , , Humphrey Searle i Karl Amadeus Hartmann.
W 1934, po stłumieniu powstania Schützbundu, został oskarżony o działalność wywrotową i wyrzucony z radia. Po dokonaniu przez hitlerowców w 1938 anschlussu Austrii Webern został zupełnie wyłączony z publicznego życia muzycznego, a jego muzyka zakazana w Niemczech i Austrii, choć nadal wykonywano ją w Ameryce, Wielkiej Brytanii i Szwajcarii.
Anton Webern zginął 15 września 1945 roku w Mittersill w Austrii, pomyłkowo postrzelony przez Raymonda Norwooda Bella, kompanijnego kucharza, biorącego udział w akcji aresztowania zięcia kompozytora, Benno Mattela, byłego członka SS.