Przykładem podziału sztucznego jest podział zwierząt na lądowe i wodne, gdyż podział ten nie odnosi się wprost do konkretnych i istotnych cech klasyfikowanych organizmów. Przykładem podziału sztucznego, ale niezwykle pożytecznego z punktu widzenia metodyki nauczania biologii, jest podział zwierząt na kręgowce i bezkręgowce. Druga z wymienionych grup (bezkręgowce) jest jednostką sztuczną, a zaliczane do niej zwierzęta łączy tylko jedna, negatywna cecha diagnostyczna, mianowicie brak kręgosłupa. Klasyfikacja, która jest oparta na istotnych i typowych cechach organizmów, ma charakter naturalny. Przykładami podziału naturalnego są podział roślin na okrytozalążkowe i nagozalążkowe oraz podział ryb na skrzelodyszne oraz dwudyszne.
Wraz z rozwojem biologii molekularnej hierarchiczne systemy klasyfikacyjne zyskały konkurencję w postaci coraz dokładniej odzwierciedlających filogenezę naturalnych klasyfikacji organizmów opartych na taksonomii filogenetycznej. Przykładem takiej klasyfikacji odnoszącej się do roślin okrytonasiennych jest system APG. W tradycyjnych systemach klasyfikacyjnych stosujących system kategorii biologicznych nie sposób zmieścić coraz bardziej dokładnego, ale też coraz bardziej złożonego obrazu drzewa życia.