W związku z tym, identyfikacja osób predysponowanych do problemów autoimmunologicznych przed podaniem szczepionki RNA może pozwolić na przyjęcie środków ostrożności. Odpowiednie kroki podjęte podczas produkcji szczepionek (np. poprawiające jakość transkrypcji in vitro, oczyszczanie metodą chromatografii cieczowej) redukują ryzyko niepożądanej immunostymulacji. Pozakomórkowy, nagi RNA ma właściwości prokoagulacyjne, co potencjalnie może prowadzić do patologicznego tworzenia zakrzepów. Nie stwierdzono jednak takiego ryzyka w wypadku szczepionek przeciw COVID-19Mowa tutaj o szczepionkach mRNA Pfizer/BioNTech, Moderny i CureVac., których cząsteczki mRNA osłonięte są nanocząsteczkami lipidowymi. Pozakomórkowy, nagi RNA zwiększa przepuszczalność ciasno upakowanych komórek śródbłonka, co potencjalnie może przyczyniać się do obrzęku. Ze względu na małą stabilność cząsteczek RNA, niektóre szczepionki RNA muszą być przechowywane w bardzo niskich temperaturach (np. szczepionka Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccine wymaga -80 do −60 °C), co znacznie utrudnia ich dystrybucję. Przechowywanie lub transport szczepionek w wyższych temperaturach może skutkować pogorszeniem ich jakości.