miasto zostało wówczas splądrowane przez Wenecjan biorących udział w IV wyprawie krzyżowej). Dokument z 1176 roku potwierdza istnienie na wyspie klasztoru i hospicjum dla pielgrzymów udających się do Ziemi Świętej. Augustianie wkrótce włączyli kaplicę w obręb kościoła.
W 1407 roku na mocy bulli papieskiej powstał w tym miejscu klasztor benedyktynów-oliwetów. Prace budowlane według projektu Giacoma Celegi, wspomaganego przez Bartolomea Tesenata, zakończono w 1439 roku. W 1515 roku kościół został ponownie konsekrowany przez biskupa Aleppo. Począwszy od 1684 roku część klasztoru i przyległy teren były wykorzystywane przez Republikę Wenecka do wypieku pieczywa, w które zaopatrywano okręty.
XIX–XXI w. Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1807 roku Francuzi zlikwidowali kościół i klasztor. Z kościoła usunięto 102 obrazy, a szczątki św. Heleny przeniesiono do bazyliki San Pietro składając je w ołtarzu w prawym transepcie. Renesansowy portal kościoła został wbudowany w fasadę kościoła Sant’Aponal. Klasztor został zamieniony na magazyn, natomiast kościół początkowo służył jako spichlerz, a później jako magazyn Marynarki Królewskiej popadając w ruinę.