Po roku 1989 Państwowa Komunikacja Samochodowa została podzielona w 1990 roku na mniejsze, samodzielne względem siebie przedsiębiorstwa państwowe. Wówczas, z dniem 01.07.1990 r. przekształcono oddział dawnej PKS w Przedsiębiorstwo Państwowej Komunikacji Samochodowej w Nowej Soli.
PPKS Nowa Sól w 2004 roku było ostatnim należącym w całości do skarbu państwa przedsiębiorstwem powstałym z dawnej PKS na obszarze województwa lubuskiego. Tego roku wojewoda dokonał sprzedaży 39% udziałów PKS Nowa Sól na rzecz sprywatyzowanych wcześniej w całości na rzecz pracowników PKS S.A. Żary oraz PKS Gorzów Wielkopolski, a pozostałe 61% pozostały własnością państwa, z zamiarem przekazania do 15% udziałów pracownikom. O zakup ubiegały się również: PKS Zielona Góra, Intertrans PKS Głogów oraz francuski koncern Connex. Z dniem 8 stycznia 2014 r. Skarb Państwa sprzedał za kwotę 1 313 250,00 zł pozostałe udziały (pakiet kontrolny 51% udziałów) na rzecz dotychczasowych wspólników mniejszościowych z Żar i Gorzowa Wielkopolskiego.
Przedsiębiorstwo obsługiwało komercyjnie m.in. autobusowe linie dalekobieżne i linie regionalne, głównie na terenie powiatów: nowosolskiego, wolsztyńskiego i żagańskiego.