31 października 1918, jako wysokiej rangi urzędnik magistracki, aktywnie uczestniczył w procesie opanowywania Krakowa przez oddziały polskie. Został w związku z tym odznaczony Krzyżem Oswobodzenia Krakowa, którym uhonorowano wówczas również Ignacego Daszyńskiego, Bolesława Roję czy Antoniego Stawarza. W latach 1926–1927 był członkiem zarządu Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie. W 1928 objął w magistracie funkcję naczelnika wydziału III, a następnie wydziału V. W 1935 przeszedł na emeryturę.

Jego wspomnienia z czasów okupacji II wojny światowej zostały wydane w 2010 i, ponownie, w 2018.

Działalność w „Sokole” Edward Kubalski wstąpił do gniazda krakowskiego i aktywnie zaangażował się w prace na rzecz Towarzystwa po ukończeniu studiów. W 1906 został dyrektorem gniazda, a od 1913 był redaktorem „Przeglądu Sokolego”. Był także jednym z inicjatorów rozpoczęcia przez ruch sokoli aktywności paramilitarnej. Włączył się w tworzenie nowych struktur i formowanie z nich jednostek legionowych w sierpniu 1914, ale w chwili zaprzysiężenia Legionów 4 września 1914 na błoniach krakowskich wraz z kilkoma współpracownikami odmówił złożenia przysięgi na wierność cesarzowi, dystansując się tym samym od polityki realizowanej przez Naczelny Komitet Narodowy.