Od września 2005 do października 2006 pełnił funkcję szefa sztabu Centralnego Dowództwa Stanów Zjednoczonych. W lutym 2008 został dowódcą Sił Wielonarodowych w Iraku. Od sierpnia 2009 do sierpnia 2010 pełnił funkcję przewodniczącego Kolegium Połączonych Szefów Sztabów. Od września 2010 do zakończenia operacji „Operacji Nowy Świt” w grudniu 2011 Lloyd Austin dowodził siłami zbrojnymi Stanów Zjednoczonych w Iraku. Od stycznia 2012 do marca 2013 był zastępcą szefa sztabu U.S. Army.
Dowódca CENTCOM 22 marca 2013 Lloyd Austin objął funkcję dowódcy Centralnego Dowództwa Stanów Zjednoczonych. W związku z małą liczbą wystąpień publicznych Lloyda Austina podczas prowadzonej wojny z samozwańczym Państwem Islamskim dziennik „The New York Times” nazwał go „niewidzialnym generałem”. Po zdobyciu Mosulu w czerwcu 2014 Austin nadzorował realizację i opracowywanie planu kampanii wojskowej mającej na celu zwalczanie ISIS. 5 kwietnia 2016 w Joint Base Myer–Henderson Hall odbyła się ceremonia przejścia Austina na emeryturę.
Praca w sektorze prywatnym W kwietniu 2016, po fuzji z United Technologies Corporation, Lloyd Austin dołączył do zarządu Raytheon Technologies. 18 września 2017 został członkiem rady dyrektorów Nucor.