Kolejny odnaleziony zapis pochodzi z 1631 roku. Mówi on o zawarciu kontraktu dzierżawnego wsi Janiszew.

W czasie potopu Szwedzi zniszczyli zamek w Brudzewie, a także spalili okoliczne miejscowości, wśród których znalazły się Marulew, Janiszew i Głowy. W późniejszych latach tereny te nękały epidemie. W 1681 roku dziedzicem Janiszewa był Stanisław Wysocki z Budzisławia. Od 1732 roku wieś była własnością jego syna Franciszka. W roku 1777 dziedzicem Janiszewa został Jan Zaręba Cielecki.

Po II rozbiorze Polski (1793) okolice Janiszewa znalazły się pod zaborem pruskim.

W Księgach zmarłych parafii Janiszew, znajdujących się w Archiwum Diecezjalnym we Włocławku, widnieją akty zgonów pięciu powstańców styczniowych, poległych w sierpniu 1863 roku. Z ksiąg tych wynika, że byli uczestnikami walki w borze pod Krwonami. Najprawdopodobniej ich ciała kryje mogiła znajdująca się w pobliżu kaplicy w Posoce.

Słownik Geograficzny Królestwa Polskiego mówi, że w II poł. XIX wieku wieś Janiszew składała się z kolonii, folwarku i osady. Kolonia składała się z 48 domów, zamieszkiwanych przez 340 osób. Folwark stanowiło osiem domów, w których mieszkało 106 osób, zaś osadę, liczącą jeden dom, zamieszkiwało pięć osób.