W czasie jednej z pierwszych misji przysparzają sobie nowego wroga - Genii - militarystyczne społeczeństwo ludzkie z technologią odpowiadającą ziemskiej z lat 50. XX wieku. Ekspedycja szykuje się do ewakuacji przed zbliżającym się atakiem ze strony Widm, gdy przybywa kontyngent wojskowy z Ziemi mający pomóc w obronie miasta na tyle długo, by zdążył do niego dotrzeć najnowszy krążownik ziemski. Seria kończy się nagłym zawieszeniem akcji, gdy miasto wciąż jest atakowane.
Seria 2 rozpoczyna się w miejscu zakończenia serii 1, a swoją premierę w Stanach Zjednoczonych miała 15 lipca 2005 roku. Ekspedycja imituje zniszczenie miasta, dzięki czemu udaje im się wyjść cało z ataku Widm. Udaje się też odzyskać w miarę regularny kontakt z Ziemią dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu (ZPM) odzyskanemu przez SG-1. Sheppard zostaje awansowany do stopnia podpułkownika. Podporucznik Ford zostaje uznany za zaginionego w akcji, a jego miejsce w drużynie zajmuje były uciekinier Ronon Dex. Motywem przewodnim drugiej serii jest wynalezienie przez dr.Carsona Becketta retrowirusa, który teoretycznie może zamienić Widma w ludzi. Niedokończona wersja wirusa zostaje użyta przez Ellię, która w wyniku jego działania traci resztki człowieczeństwa. Zarażony przez nią Sheppard niemalże zmienia się w Iratusa.