Asuranie zabijają Pradawnych, którzy przejęli miasto po 10000 lat. Główni członkowie ekspedycji ignorują rozkazy i wracają do Atlantydy, gdzie ratują O’Neilla i Woolseya oraz odpierają inwazję Asuran. Finał serii zaczyna się, gdy Ziemianie wysyłają pierwsze uderzenie przeciwko Asuranom budującym flotę mającą zaatakować Ziemię. Asuranie przeprowadzają kontratak na Atlantydę przy pomocy potężnej broni energetycznej wystrzelanej przy pomocy satelity zawierającego gwiezdne wrota. Ostatecznie ekspedycja odpala napęd gwiezdny Atlantydy szukając ucieczki w przestrzeni kosmicznej. Finał kończy się uszkodzeniem hipernapędu, zostawiając Atlantydę dryfującą w niezbadanej przestrzeni z jednodniowym zapasem energii i ciężko ranną dr Weir.
Serie 4-5 Seria 4 miała swoją premierę w USA 28 września 2007 roku, a 9 października w Wielkiej Brytanii. Scenarzyści stwierdzili, że seria 4 poprowadzi serial w nowym kierunku. Jako iż zaczyna się ona w miejscu zakończenia serii 3 to przyszłość ekspedycji wydaje się ponura - Weir jest niepełnosprawna, a główni członkowie wyprawy odnieśli poważne rany. Dryfującemu w przestrzeni miastu kończy się energia, a jego mieszkańcy są odcięci od Ziemi, więc postanawiają zrabować Asuran w celu zdobycia ZPM. Dzięki niemu udaje im się dotrzeć do pobliskiej planety, jednak Weir zostaje wzięta do niewoli przez Asuran.