Po udanej przygodzie w Trabzonie, Güneş pracował w dużo słabszych klubach, a po krótkim epizodzie w Sakaryaspor SK wycofał się z czynnego uprawiania zawodu.
Kiedy w 2000 ogłoszono więc, że nowym selekcjonerem reprezentacji Turcji zostanie trener, który od ponad roku nigdzie nie pracował oraz nigdy nie prowadził któregoś z największych klubów w Turcji, wywołało to ogólne zdumienie. Domagano się jego dymisji szczególnie gdy we wrześniu 2001 przegrał eliminacyjny (do Mundialu) mecz ze Szwecją, co oznaczało konieczność gry w barażach. Prezes federacji zaufał jednak Güneşowi. Po efektownym przejściu barażów (z Austrią 1:0 i 5:0) Turcja po raz drugi w historii awansowała do mistrzostwach świata. W Japonii i Korei Turcy zaskoczyli wszystkich i zajęli III miejsce, przegrywając w półfinale z późniejszymi triumfatorami Brazylijczykami. W kraju nad Bosforem zapanowała powszechna euforia, a Güneş stał się jedną z najpopularniejszych i najbardziej lubianych postaci w Turcji.
W kolejnych eliminacjach (do Euro 2004) Turcy znów zajęli drugie miejsce w grupie i w barażach spotkali się z Łotwą. Ku zaskoczeniu obserwatorów w dwumeczu okazali się słabsi i przegrali z europejskim outsiderem. Mimo to Güneş nie otrzymał wymówienia.