Funkcję tę pełnił do 5 maja 2006Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 5 maja 2006 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ().. W lutym 2006 „Fakt” zorganizował prowokację z jego udziałem, w której dziennikarz „Faktu” w rozmowie telefonicznej podał się za asystenta dyrektora Radia Maryja Tadeusza Rydzyka, prosząc ministra o użyczenie mu samochodu, na co minister miał przystać.
W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz czwarty uzyskał mandat poselski, otrzymując 28 212 głosów. W 2009 był kandydatem PiS w wyborach do Parlamentu Europejskiego w okręgu wyborczym Olsztyn, nie uzyskał mandatu deputowanego. W 2011 kandydował w wyborach do Sejmu RP z pierwszego miejsca na liście PiS w okręgu nr 24 i ponownie uzyskał mandat poselski. Oddano na niego 35 763 głosy (8,34% głosów oddanych w okręgu). W 2015 został ponownie wybrany do Sejmu, otrzymując 44 620 głosów.
16 listopada 2015 powołany na ministra rolnictwa i rozwoju wsi w rządzie Beaty Szydło. 11 grudnia 2017 objął to stanowisko w nowo utworzonym rządzie Mateusza Morawieckiego. 18 czerwca 2018 Krzysztof Jurgiel podał się do dymisji z zajmowanej funkcji, jego rezygnacja została przyjęta. Następnego dnia został odwołany przez prezydenta, a jego następcą w resorcie został wówczas Jan Krzysztof Ardanowski.