Do pierwszych demonstracji przeciwko jego rządom doszło jeszcze przed rozpadem ZSRR, m.in. w dniach 11 i 12 lutego 1990 w stołecznym Duszanbe. Osią sporu w Tadżykistanie stał się konflikt między reprezentującą wschodnie obszary kraju opozycją a interesami klanów kulabskiego i leninabadzkiego reprezentonymi przez komunistyczną nomenklaturę. Od marca do kwietnia 1992 miał miejsce szereg demonstracji antyrządowych oraz wieców poparcia dla prezydenta. Utworzony przez niego batalion prezydencki został wysłany do walki z islamistycznymi ruchami opozycyjnymi wspieranymi przez zagranicznych dżihadystów, w tym; Al-KaidęInside Al Qaeda: global network of terror, by Rohan Gunaratna, s. 169, Islamską Republikę Afganistanu, talibówLena Jonson Tajikistan in the New Central Asia: Geopolitics, Great Power Rivalry and s. 96. 2006. 978-1845112936 a także uzbeckich islamistów.