2. generacja thumb|iPod shuffle drugiej generacji, w sprzedaży od jesieni, 2006 iPod shuffle drugiej generacji został zaprezentowany 12 września 2006. Jest o połowę mniejszy od poprzedniego modelu (41,2 × 27,3 × 10,5 mm) i waży tylko 15,5 g, tak że może być noszony przypięty do ubrania wbudowaną klamrą. Nie ma integralnej wtyczki USB, i musi być łączony z komputerem kablem (dołączony doc). Jest dostępny w wersji z pamięcią 1 GB i 2 GB. Wraz z wejściem na rynek drugiej generacji iPoda shuffle pierwsza została wycofana ze sprzedaży.
Modyfikacje Drugą generację iPoda shuffle można podzielić na trzy wersje – 2.0G, 2.1G i 2.2G.
2.0G Pierwsza wersja została wprowadzona 12 września 2006 roku i występowała wyłącznie w kolorze srebrnym z pamięcią 1 GB. Jej numer seryjny rozpoczyna się od liter MA.
2.1G 2.1G została wprowadzona 30 stycznia 2007 roku. Nie różniła się pojemnością, wprowadzono jedynie nowe kolory (różowy, niebieski, zielony i pomarańczowy, srebrny zachowano). Numer seryjny rozpoczyna się od liter MA.