Lata powojenne to czas, gdy wiele nagrobków z piaskowca zastępowano powszechnie stosowanym lastriko. W latach 60. XX wieku studnie zastąpiono centralną siecią wodociągową a wiele alej utwardzono. W późniejszych latach w głównych alejach zainstalowano oświetlenie. Podczas likwidacji jednej ze studni i prowizorycznych toalet w kwaterze 45N odkryto zbiorową mogiłę więźniów politycznych straconych w latach 1944–1956 w więzieniu Warszawa III – Praga (tzw. Toledo). Byli to żołnierze Armii Krajowej, WiN i NSZ. W 1997 ustawiono tu pomnik autorstwa Dariusza KowalskiegoNowa Gazeta Praska-archiwum „Kwatera 45N” Paweł Elsztein..
W 1994 przy kościele św. Wincentego pochowano szczątki 13 biskupów z Faras pochodzące z misji archeologicznej kierowanej przez Kazimierza Michałowskiego w Nubii, przywiezione do Warszawy w celu przeprowadzenia badań antropologicznych.
W 2021 na cmentarzu (kwatera 116, przy parkanie od strony ul. św. Wincentego) oddano do użytku pierwsze w jego historii kolumbarium z 1530 niszami.
Cmentarz jest podzielony na 965 kwater. Liczba pochowanych osób szacowana jest na 1,2 mln osób.