Jako odszkodowanie za spowodowane zniszczenia zmuszony został ustąpić biskupowi Janowi Radlicy wsie Imielin, Chełm i Kosztowy.
Jan II całą swoją karierę polityczną związał ze służbą na praskim dworze dynastii Luksemburgów, ściśle współpracując z Wacławem IV, Jodokiem z Moraw i Zygmuntem. Powiązania te dały już owoce w 1397, kiedy to Jan II został mianowany pierwszym komornikiem królestwa czeskiego, a następnie starostą niemodlińskim i kłodzkim. W tym samym roku związał się z opozycyjną Jednotą Pańską i wziął udział w zamachu na członków jej rady, osobiście mordując Purkarta Strnada z JanovicV. Štěpán, Vražda čtyř členů královské rady na Karlštejně roku 1397, „Český časopis historický” 1994, t. 92, nr 1, s. 24–44..Od tego czasu Czesi nazywali go mało pochlebnym określeniem „mistrz Hanusz”, w rozumieniu kata. W 1399 roku został ekskomunikowany za splądrowanie dóbr biskupa ołomunieckiego. Będąc w sojuszu z Prokopem Luksemburskim, który walczył ze swoim bratem Jodokiem z Moraw wspieranym z kolei przez Zygmunta Luksemburskiego w 1400 r., najechał na Węgry, jednak wyprawa odwetowa króla węgierskiego w październiku tego roku zniszczyła ziemię raciborską. Jan II długo utrzymywał bardzo dobre stosunki z królem Władysławem Jagiełłą, który w 1402 roku zaprosił go na swój ślub i wesele z Anną Cylejską.