Po wojnie, Prat nadał służył w marynarce Chile, uczestnicząc w licznych rejsach. Stał się też wykładowcą w Akademii Morskiej Chile, a od 1871 zastępcą dowódcy korwety „Esmeralda”. W 1873 awansował na komandora podporucznika, w tym też roku w maju ożenił się z Carmelą Carvajal. Przykładał wagę do szkolenia, tłumaczył książki z francuskiego. Jednocześnie, od 1872 rozpoczął studia prawnicze na uniwersytecie Chile, które ukończył egzaminem zdanym 31 lipca 1876 przed Sądem Najwyższym. W tym samym roku rząd zamknął Akademię Morską. Prat wówczas podjął służbę w instytucjach lądowych marynarki wojennej w Valparaiso jako prawnik, pracując nad regulacjami prawnymi dotyczącymi żeglugi.
Po wybuchu wojny z Peru i Boliwią w 1879 (wojny o Pacyfik lub „wojny saletrzanej”), Prat w stopniu Capitán de fragata graduado (odpowiadający komandorowi porucznikowi) powrócił do służby bojowej. Początkowo był dowódcą „Covadongi”, a od połowy maja 1879, „Esmeraldy”. Oba te okręty blokowały peruwiański port Iquique. 21 maja 1879 pod Iquique nadpłynęła eskadra okrętów peruwiańskich, w składzie monitora „Huáscar” i fregaty pancernej „Independencia”. Pomimo przygniatającej przewagi pancernych okrętów peruwiańskich, Prat zdecydował walczyć w obronie honoru bandery, na skutek czego doszło do bitwy pod Iquique.