Ponadto podejmowane w imieniu konfederacji uchwały były często ignorowane przez Massachusetts, które było najsilniejszym z członków unii ze względu na największą liczbę ludności, największą liczbę rekrutów do milicji i największe wpływy podatkowe. Jednym z przejawów prowadzenia przez Massachusetts niezależnej polityki była odmowa udziału w wojnie przeciw koloniom niderlandzkim w 1653 r. Krótko przed aneksją New Haven przez Connecticut (1665), zmniejszono częstotliwość posiedzeń komisarzy do jednego na trzy lata. Ożywienie unii miało miejsce w latach 1675–1676, gdy kolonie pokonały Indian w tzw. wojnie króla Filipa. Konfederacja funkcjonowała do ok. 1684 r., kiedy miało miejsce ostatnie udokumentowane zebranie komisarzy z należących do niej kolonii.
Ustalenia zawarte w Artykułach Konfederacji Artykuły Konfederacji ustalały między innymi, że: Kolonie sformują ligę przyjaźni z wzajemnymi zabezpieczeniem militarnym. Ten związek zapewniłby bezpieczeństwo społeczne oraz dobrobyt kolonii, a także zachowałby ich purytański styl życia. Kolonie miały zachować swoje obecne terytorium. Ich jurysdykcje pozostaną nieskrępowane przez innych członków konfederacji, a wszelkie wprowadzone zmiany musiałyby zostać uzgodnione przez pozostałych członków. Gdyby wybuchła wojna, wszyscy członkowie konfederacji będą ze sobą związani.