Niektóre kontrowersyjne badania dały pozytywne wyniki, inne opublikowane badania kliniczne zachęcają do dalszych prac badawczych. Badania kliniczne o wysokiej jakości wskazują na mniej pozytywne efekty, a większości badań z pozytywnymi wynikami nie udało się powtórzyć lub wykazano problemy metodologiczne, które nie pozwalają na uznanie ich za jednoznaczny dowód na skuteczność homeopatii.
W zależności od stężenia preparaty homeopatyczne mogą nie zawierać ani jednej cząsteczki substancji aktywnej, a efekty lecznicze takich środków (poza efektem placebo) byłyby sprzeczne z podstawowymi prawami fizyki. Współcześni homeopaci wierzą w pamięć wody, co ma powodować trwałe zmiany roztworu, w którym była rozpuszczana dana substancja. Nie ma jednak zweryfikowanych obserwacji ani praw natury potwierdzających to zjawisko. Powyższe fakty oraz stosowanie w homeopatii leków, które nie zawierają aktywnych składników farmakologicznych, są powodem tego, że homeopatię uznaje się też za pseudonaukę lub szarlatanerię, a nawet określa mianem „okrutnego oszustwa”.
Nie jest znany sposób, w jaki środek homeopatyczny miałby leczyć.