26 sierpnia 2020 roku został ponownie wypożyczony, tym razem do SKN St. Pölten. Zadebiutował w austriackiej ekstraklasie 29 sierpnia 2020 roku w meczu Pucharu Austrii przeciwko czwartoligowemu ATSV Wolfsberg, wygranym 1:3. Pierwszą asystę zaliczył 3 października 2020 roku w meczu przeciwko Wolfsberger AC, wygranym 2:4. Peter Pokorný asystował przy golu w 37. minucie. Łącznie na tym wypożyczeniu rozegrał 29 ligowych meczów i zaliczył 3 asysty.
12 czerwca 2021 roku słowackim piłkarzem zainteresowała się Legia Warszawa, która upatrywała w nim następcę Bartosza Slisza, który otrzymał ofertę z innego klubu. Mimo że słowacki zawodnik miał przechodzić testy medyczne, to ostatecznie trafił do Realu Sociedad i podpisał z nim kontrakt do końca czerwca 2024 roku.
Kariera reprezentacyjna Peter Pokorný w reprezentacji Słowacji do lat 21 zadebiutował 22 marca 2019 roku w meczu przeciwko Grecji, wygranym 4:3. Wtedy strzelił też swojego pierwszego gola, w 2. minucie trafił do siatki. W dwóch meczach był kapitanem tej drużyny.