Wskazania Doksycyklina jest stosowana głównie w dermatologii i otolaryngologii. W innych specjalnościach klinicznych ma mniejsze zastosowanie, m.in. ze względu na dość często spotykaną odporność bakterii na ten lek. Do schorzeń leczonych tym antybiotykiem należą m.in.: choroby skóry – w tym w ciężkich postaciach trądziku zakażenia górnych i dolnych dróg oddechowych zakażenia tkanek miękkich zakażenia przewodu pokarmowego zakażenia układu moczowo-płciowego zapalenia przyzębia malaria dur plamisty, dżuma (jako antybiotyk drugiego rzutu) tularemia borelioza ECM – rumień przewlekły wędrujący, choroba z Lyme inne zakażenia spowodowane bakteriami wrażliwymi na ten lek. stosowana jest również (forma dożylna) w chirurgii klatki piersiowej doopłucnowo jako środek do pleurodezy chemicznej filarioza
Interakcje Działa antagonistycznie z penicylinami i cefalosporynami. Doksycyklina zmniejsza przeciwbakteryjne działanie penicylin i innych antybiotyków o działaniu bakteriobójczym. Doksycyklina zmniejsza skuteczność hormonalnych środków antykoncepcyjnych. W czasie stosowania zaleca się korzystanie z dodatkowego niehormonalnego środka antykoncepcyjnego (np. prezerwatywa).