Około jeden na tysiąc przypadków może przerodzić się w przewlekły zespół bólowy moszny, który staje się poważnym problemem klinicznym; rekanalizację nasieniowodów (0,2% przypadków) – niepowodzenie interwencji ujawniające się rok lub więcej od chwili, gdy została wykonana wazektomia. Są to sporadyczne przypadki, ale potwierdzające, że nie jest to metoda antykoncepcji dająca 100% pewności, choć o skuteczności przekraczającej 99%. Generalnie u mężczyzn po wykonanym zabiegu wazektomii nie obserwuje się różnic w jakości i poziomie satysfakcji ze stosunku płciowego w porównaniu do współżycia sprzed interwencji chirurgicznej. Erekcja (wzwód) i ejakulacja (wytrysk nasienia) przebiegają na dotychczasowym poziomie, z normalną obecnością ejakulatu, którego kolor i konsystencja pozostają bez zmian. Dzieje się tak dlatego, że plemniki stanowią mikroskopijną część objętości spermy, w związku z czym brak ich obecności nie ma wpływu na wygląd nasienia. Wazektomia nie odbija się także negatywnie na gospodarce hormonalnej pacjentów, u których została zastosowana tego rodzaju antykoncepcja dla mężczyzn.